1、解释不同
措手不及：措手：着手处理。来不及动手应付。指事出意外，一时无法对付。
猝不及防：猝：突然，出其不意。事情来得突然，来不及防备。
2、出处不同
措手不及：宋活本《错斩崔宁》：“魏生措手不及；通红了脸。”
白话释义：魏先生措手不及；脸都红了。
猝不及防：清·纪昀《阅微草堂笔记》：“既不炳烛；又不扬声；猝不及 防；突然相遇；是先生犯鬼；非鬼犯先生。”
白话释义：既不点燃蜡烛；又不发声音；突然不及防范；突然相遇；这是先生冒犯了鬼；不是鬼冒犯先生。
3、使用对象不同
措手不及：“措手不及”的“措手“是着手应付”的意思，整个成语是“来不及应付”的意思，多形容情况紧急、事出突然或准备不足，临时慌张。
猝不及防：“猝不及防”的“猝”是突然的意思，整个成语的意思是“出乎意外，来不及防备“的意思、多形容遭遇到突然的袭击。
参考资料来源：百度百科-措手不及
参考资料来源：百度百科-猝不及防