黄连根和根茎的形态与分布：黄连地上部除花薹叶，无直立茎，叶丛生在分支的地下根茎上，在根茎上又密生黄色的须根。黄连的地下根茎有结，但节间短。因此，根系属浅根系。此外，须根一般长20～30cm，密集于0～10cm的土层，其中0～5cm土层内占27%；而5～10cm的土层内占70%，但须根在土壤中分布较宽，一般是根长的2倍。黄连的根主要吸收0～10cm土层中的养分。因此，施底肥不宜过深，有的主产区不太重视基肥，以追肥为主。
此外，黄连喜肥沃的土壤，尤其是腐殖土，它不仅养分含量高，更重要的是保水、保肥性和土壤物理性状良好（如疏松、通透性等），有利于根系的生长发育。所以，培肥土壤在黄连的生产中有很重要的意义。