司马迁撰写史记的目的在于：继承父亲遗志；继承《春秋》精神；肩负史家职责。
一、继承父亲遗志。
司马氏世代为史官，司马谈一心继承先人久绝的世业—太史令，重视孔子撰述《春秋》的精神，整理和论述上代历史，《隋书经籍志》说︰谈乃据《左氏》、《国语》、《世本》、《战国策》、《楚汉春秋》，接其後事，成一家之言。
可见司马谈有意继续编订《春秋》以後的史事。然而，於元封元年，汉武帝行封禅大典，为古今旷见大典，司马谈身为太史令，却无缘参与当世盛事，引为终生之憾，忧愤而死。
他死前将遗志嘱咐儿子司马迁说︰今天子接千岁之统，封泰山，而余不从行，是命也夫！余死，汝必为太史，无忘吾所欲论著矣。司马迁则回答道︰小子不敏，请悉论先人所次旧闻。可知司马迁乃秉承父亲的遗志完成史著。
而《史记》以封禅书为其八书之一，即见其秉先父之意。
二、继承《春秋》精神。
司马迁在《太史公自序》说︰先人有言，自周公卒，五百岁而有孔子，孔子卒後，至於今五百岁，有能绍明世，正《易传》、继《春秋》、本《诗》、《书》、《礼》、《乐》之际，意在斯乎？意在斯乎？小子何敢让焉？此正暗示其有明道义，显扬志业人物的使命。
《春秋》的下限，到鲁哀公获麟之年，此後的史事就没有完整的史籍记载。司马迁是绍继《春秋》，并以汉武帝元狩元年获麟及太初元年改历下限，撰写史记。
然而，司马迁继承《春秋》，不仅是要形式上承继周公以来的道统，反而是重视《春秋》的性质，他在《太史公自序》说︰夫《春秋》，上明三王之道，下办人事之纪，别嫌疑，明是非，定犹豫，善善恶恶，贤贤贱不肖，存亡国，继绝世，补敝起废，王道之大者也。
《春秋》以道义，拨乱世，反之正，莫近於《春秋》。可见司马迁对春秋之义和春秋笔心仪已久，这是他要承孔子的真意、秉承《春秋》褒贬精神，撰述《史记》。
三、肩负史家职责。
据《後汉书百官志》载︰太史令只是六百石小官，职责仅在於管理图籍，掌管星象天文，极其量只在於记录上代及当代事情，并无著述的责任。
然而，司马谈和司马迁明显不满足於拾遗补蓻。司马谈早有整理上代历史的计划，可惜却发愤而卒，临终前叮嘱司马迁，认为自麟以来，史记放绝。今汉兴，海内一统，明主、贤君、忠臣、死义之士甚多，身为太史令，有完成论载上代历史的任务。
司马迁在《太史公自序》也指出身为太史的职责说︰且余尝掌其官，废明圣盛德不载，灭功臣、世家、贤大夫之不述，隳先人之言，罪莫大焉。因此，司马迁一心秉承先人世传及述往事以思来者的责任感，决意撰述《史记》。
其实，史迁在《报任安书》中亦透露著述《史记》的目的，他说凡百三十篇，亦欲以究天人之际，通古今之变，成一家之言。可见司马迁不但要完成太史令的责任，更要尽史学家的职责。