一段时间来，峨眉山市大庙飞来殿由文物部门和四川省海洋集团公司管理。但当地广大信教群众一直把它视为道教活动场所，香火绵绵不绝。每年的正月初八是峨眉山保持了三百年传统的飞来殿大庙会，各地的善男信女都来大庙飞来殿焚香祭拜，向东岳大帝祈福，信众多达几万人。广大信众多次向相关部门反应，希望将峨眉山市大庙飞来殿移交给道教教职人员管理，恢复开放为宗教活动场所，以满足广大信众开展正常的宗教活动。全国人大常委、中国道教协会常务副会长张继禹大师，全国政协委员、中国道教协会副会长、四川省道教协会会长唐诚青都非常重视峨眉山市大庙飞来殿的恢复开放工作，多次亲临峨眉山市大庙飞来殿考察，并同峨眉山市政府有关领导进行磋商，达成共识。2009年3月，由全国政协委员唐诚青等9名委员联名向全国政协第十一届委员会提交了《要求峨眉山市大庙飞来殿恢复开放为道教活动场所》的第1354号提案，得到全国政协的高度重视。10月，全国政协巡视组一行在四川省道教协会唐诚青会长，乐山市政府宗教局高鹏局长，峨眉山市政府领导陪同下再次考察巡视飞来殿，督查飞来殿落实为道教场所的进展情况。
乐山市政府高度重视全国政协委员的第1354号提案,对峨眉山市大庙飞来殿的恢复开放做了大量工作，多次召集乐山市政府宗教局、峨眉山市政府、峨眉山市民宗局、峨眉山市文物管理等部门召开协调会，研究协调恢复开放和移交工作。乐山市政府宗教局领导多次到峨眉山市与相关部门协调，督促峨眉山市民宗局完善相关手续。2012年10月12日，峨眉山市第十三届市委常委会第十一次会议讨论研究了《关于开放大庙飞来殿为道教固定处所有关问题的报告》，同意大庙飞来殿开放为道教活动场所，交由道教组织管理使用，在大庙飞来殿周边规划建设道教场所。经过多方共同努力工作，2012年11月，海洋集团公司撤出大庙飞来殿合作项目，道教教职人员正式入住大庙飞来殿，恢复开放为道教活动场所。道观正式命名为峨眉山市大庙飞来殿。
2013年1月25日，四川省道教协会派毛艺涛等五名道长正式进驻大庙飞来殿道观。
