1．滞留经费、延缓拨付。有的主管部门出于自身的利益考虑，对于财政拨付的科研资金，未能及时安排拨付，将资金滞留在主管部门，从而影响了科研项目的正常运作。如20xx年省级科技主管部门安排某市项目款299万元，当年项目款已全部拨付给市科技局，而市科技局实际只拨付229万元，尚有70万元未拨付，滞留金额占项目款的 23.41％；某区科委20xx年在到位的项目经费69万元中，实际只拨出 46万元，尚有23万元未拨付给项目单位，滞留金额占项目款的 33.33％。
2．挤占经费、挪作它用。科技主管部门掌握大量的科研经费，履行着分配、安排科研经费的职责。但是，有些科技主管部门利用手中的权力，左右科研经费的分配，并从中为自己谋利。这主要表现在两个方面：一是主管部门通过挤占科研经费弥补自身的行政经费不足，如在主管部门设立的课题中列支了与课题无关，本应由行政经费开支的有关会议费、差旅费等内容；二是科技主管部门的有关职能处室挤占基层科研单位的课题经费，在科研单位的课题经费中列支了本应由科技主管部门负担的差旅费、各项补贴费等，而基层科研单位为了今后能争取到课题经费，不得不违规列支与他们无关的费用。同时在审计中也发现一些基层科研单位自身也存在挤占挪用现象。如由某市高新技术产业开发区建设发展总公司与某电子有限公司联合开发的“微型条码打印机系列产品”项目，该项目资金30万元，被开发区建设发展总公司挪用于大楼基建20万元。
3．虚设课题、转移资金。有些部门为了获取科研经费用于自身的日常开支，采取与基层科研机构相互串通的办法，由科研单位申报课题取得科研经费，而后将科研经费从申报单位转至这些部门。如我们在审计某研究院的科技专项经费时，在支出中发现有一笔专项经费转至某协会，随后审计人员跟踪审计该协会，经核对查明，这笔专项经费系研究院虚设课题，取得经费20万元后，除了留下部分手续费外，余款18.5万元全部转至该协会，用于协会的各种补贴、餐费等与课题无关的开支。
4．未按合同使用经费。按照科技项目计划管理办法及科技三项费用管理办法等有关规定，科研单位在申请科研经费时，必须与科技主管部门签订科技合同，实行合同化管理，资金专款专用。合同中对经费的使用范围等都作了明确的规定，但在实际操作中，许多科研单位的经费使用往往超越了合同规定的范围。在审计抽查中发现部分基层用款单位存在将项目经费主要用于单位的人员经费开支，不符合项目合同所规定的开支范围。
5．计划安排不符规定。有的主管部门在安排项目计划时，未按三项费用管理规定的要求，擅自将非科研项目的经费夹带安排，使得项目计划缺乏严肃性、科研经费预算失去真实性。如由某中心承担的“马尾松营养高效基因型选育林的研究”项目，当年经费安排37万元，科技主管部门在该项目合同拨款用途的其他费用下夹带安排某县科技扶贫款30万元。某大学的“重大项目立项评估”项目拨款7万元，实际是科技主管部门的业务处用于开支重大项目立项评估会议费，并非科研项目。
6．监管不力、影响效益。科技主管部门不仅履行着科研经费的分配职责，而且对科研经费的使用情况承担着监督管理的义务。从这几年的审计中，我们发现一些科技主管部门只重视资金的分配，却忽视了资金的监管，甚至出现“一拨二转三不管”的现象。有的项目没有及时组织验收；有的没有认真执行项目追踪反馈制度，经审计抽查发现有部分上年安排的计划项目，资金也已拨款到位，但至次年末仍未使用；对项目用款单位没有做好资金使用情况的检查和监督，导致部分基层用款单位存在挤占、挪用科技专项现象。由于监管不到位，制约了科研资金的使用效益，甚至有的项目单位因倒闭而直接给国家造成经济损失。
摘自《审计理论与实践》 作者：林祖宣
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