作为化学科学的原始形式，炼金术却起过十分重要的作用，而且它本身也含有一定的合理成分。因此，在自然科学史上炼金术还有着相当重要的历史地位呢！
首先，炼金术士们在炼金过程中积累了丰富的化学操作经验。通过炼丹或炼金，人们掌握了许多化学操作技术。今天化学科学中的许多操作，例如：溶解、过滤、结晶、升华、蒸馏、提纯等方法都来自炼丹术和炼金术。
其次，炼金术士们在炼金的过程中积累了丰富的化学知识。许多有关元素和化合物的知识，以及物质之间互相转化的知识也都来自于炼金术或炼丹术。
更为重要的是，炼金术提出了推动化学科学发展的新观念。炼丹家们怎么能知道，神丹可以长生不老？炼金家们怎么能知道可以点石成金？前者的依据是“金是不朽的，人吃了金丹也可以不朽”。中国古代道家认为：“金丹一道是修行之本”就是这个意思。后者的依据是“自然界是变化的，物质之间可以相互转化。”这两种观念都推动了化学科学的发展。