一般正常情况下都是这样操作的。因为公司给员工都正常缴纳了生育保险，生育之后，女员工需要凭借孩子的出生证明等相关材料去当地社会保险经办机构办理手续，领取生育津贴并报销生育医疗费。
这其中的生育津贴，就是为了弥补女员工在生育期间的误工费。也就是说，女员工生育期间的收入保障，是通过生育保险的生育津贴来支付的。
当然，也不是说女员工领取了生育津贴，公司就完全没有必要支付工资了，在女员工休完产假回到公司后，公司与员工之间还需要进一步结算：
1、生育津贴的补助标准，是按照女员工所在公司上一年度申报的员工平均工资进行核算的，也就是说，社保部门发放给女员工的生育津贴，可能刚好跟女员工在公司的工资刚好相同，但更可能的情况是，比自己的实际工资高或者低；
如果所领取的生育津贴，还高于自己平时在公司的工资水平，那很好，这多出来的部分可以看作自己额外的福利；但如果所领取的生育津贴低于自己平时在公司的工资水平，这个差额，是需要公司另外再补给员工的；
2、女员工休产假期间，公司需要每个月继续为员工缴纳社会保险和公积金，但因为从公司角度来看，女员工休产假期间是不计发工资的，那么每月的社保和公积金员工个人承担部分就需要公司先行垫付。
因此，一般公司的处理方式，是等女员工产假结束回来上班之后，根据其提供的生育津贴相关材料进行结算，扣除公司在员工产假期间为其垫付的个人需承担的社保公积金部分，若公司仍然需要补发员工工资，就进行补发，若员工需要支付公司个人社保和公积金部分，可以从下个月工资里扣除或者直接转账给财务。
当然，也有一部分公司为了避免员工休完产假后不回公司上班，为了防止要不回产假期间垫付的个人需承担的社保及公积金部分，也会采取在产假前提前扣除的策略。
综上，这是正常操作，不存在违法的问题。
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