明清时期以李贽、黄宗羲、顾炎武、王夫之等为代表发展出了批判儒学,主要对汉宋时的假道学进行评判,但仍属于儒学,因为他们的思想大多取材于先秦儒学,使得儒学又一次焕发生机,但可惜的是未形成体系,也没能继续发展,影响范围很小。
清初儒学是在明清之际，古代中国社会又一次大变动时期形成的，反映中国封建社会在经济、政治、文化等方面都发生了深刻变化的启蒙思想。同时，也是随着明王朝的覆灭与理学末流之弊的暴露，出现的由虚返实的经世实学思潮。这股思潮赖以产生和存在的社会基础是中国后期封建社会总危机而产生的地主阶级改革派，和由资本主义萌芽而形成的市民阶层。清初儒学既是当时时代精神的集中反映，也是中国古代儒家经世致用传统的继承和发展。
清初儒学的第一个特征，就是强烈的反清复明的民族主义精神。随着明王朝的灭亡，满清王朝的建立，一大批明朝的孤臣遗民，宁死不屈，投入了轰轰烈烈的抗清斗争中，经过几十年的艰苦奋斗，虽然斗争失败，但他们终生不与清朝合作，即使高官厚禄诱劝，不为所动。他们或隐遁山林，或出家为僧，或浪迹天涯，或退避田园，或主讲书院。如王夫之隐居石船山，黄宗羲主讲证人书院，顾炎武奔走大江南北，方以智出家为僧，颜元行医乡里。在这种艰苦的条件下，他们怀着悲愤的心情和一腔忠君爱国的热忱，恪守着华夷之别的传统观念，深刻地反省了明王朝覆亡的历史教训，全面总结了几千年来的传统文化。希图以新的精神重振社稷。
清初儒学的第二个特征，便是反对宋明理学的空疏，倡导经世致用的实学。宋明以来，由于程朱理学和陆王心学的一统天下，科举考试皆以朱子为准，一时人人谈性理，家家讲朱陆的空疏的义理之说，浓重地笼罩了当时的学术氛围，孔孟之道的微言大义尽被穿凿附会。科举考试采用八股文形式，更使空洞的义理在僵死的形式中，显得虚弱无用，从而最终导致了明王朝重文轻武，不务现实，朝中无人，政事瘫痪，内部腐败透顶，外部强敌入侵，招致了社稷陆沉的恶果。所以，清初儒学大师们认识到理学误国的根源，在各自的领域中以各自的特点掀起了一股强大的反理学、倡实学的批判思潮，即总结过去、迈向近代的启蒙思想回归原始儒学，讲求实体达用的实学思潮。王夫之从理论上总结了传统儒学，使其发展到新的高峰;黄宗羲痛斥了封建专制主义，提倡儒家民本主义;顾炎武力斥义理之空疏，大倡考据之实学风气。他们三人成为清初儒学的三大师，对后世发生了深远的影响。其次，还有方以智，颜元、傅山、朱之瑜、李颙、唐甄、刘献廷等一大批大家，共同汇成清初儒学以反满爱国、反宋明理学、倡导经世致用的实学为特征的时代浪潮，在这股思潮中，可谓异军突起，别其特色的南有方以智，北有颜元，这里我们稍作介绍。
颜元是清初儒学中的一支异军，他对宋明理学的批判比王夫之、顾炎武、黄宗羲三人更加彻底，毫无保留。正如梁启超在《中国近三百年学术史》中说：“其见识之高，胆量之大我敢说从古及今未有其比。因为自汉以后二千年所有学问，都被他否认完了。”这个评价比较中肯地证明了颜元在清初儒学中是以回归先秦儒学的精神倡导实学的。
颜元，字浑然，号习斋，生于明崇祯八年(1635)，卒于清康熙四十三年(1704)，河北省博野县人。自幼家贫。先后丧父失母，亲自耕种农田，行医乡里。终生不仕。晚年主持漳南书院，著书授徒。他的著作主要有 《四存编》—— 《存治编》、《存学编》、《存人编》、《存性编》; 还有 《习斋记余》等。
颜元思想的最根本特征，就是一个“习”字。他注重“习”的理论主要由两部分构成，一是对宋明理学的批判，二是对新社会的构想。
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