中华人民共和国工业和信息化部隶属院校和教育部直属院校的区别在于：
中华人民共和国工信部直属高等学校指由中华人民共和国工业和信息化部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
经过世纪之交全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理，建国以来国家历次所确定的全国重点大学多为教育部直属高校。根据国务院（国发〔1999〕26号）《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》，国防科工委继续管理其所属学校。