法律分析：补贴、津贴等的存在造成个税工资和实发工资本身就不同企业有时候会发放一些补贴、津贴等，这些有的是需要交税的，有的是不需要交税。比较常见的不需要缴纳个税的情形：1、员工收到因公在城区、郊区工作，不能会单位就餐，根据实际误餐顿数而领取的误餐费；2、员工出差期间发生餐费，在标准内领取的差旅费补贴；3、员工使用公司购买的手机，进行业务活动，通讯费由公司承担，发票也是直接开给公司；或某些地区规定的通讯补贴标准范围内的，不需要扣缴个税；4、当地规定的交通补贴范围内的，不需要缴纳个税。比较常见的需要交个税的情形：1、超过当地标准通讯补贴，交通补贴等需要扣缴个税；2、住房补贴，防暑降温补贴等补贴津贴是需要扣缴个税；3、过年过节发放的实物、购物卡等需要扣缴个税；4、组织员工免费外出旅游等发生的各种费用，需要扣缴个税。所以，由于有可以不缴纳个税的工资薪金组成部分，也存在某些实物奖励需要缴纳个税，而并没有计入实发工资的情况，所以本质可能出现两者不一致。情形四：个税申报延迟于实际工资归属期个税申报是在实际发放月份，并不是会计计提当月就要进行纳税申报。也就是说员工实际取得工资，才有纳税义务。比如企业是当月计提工资，下月发放并进行纳税申报，那么2月份申报个税工资以及实际发放给员工的工资实际是员工1月付出劳动所取得的。如果在对照两个工资数额的时候，拿工资单上注明的1月份的实际工资（实际是2月份取得）和1月份的个税工资进行对比，这就错了，因为1月份的个税工资实际对应的是上年12月份的实发工资；和工资单上1月份的实发工资对应的应该是2月份个税工资。站在全年来看，个税一年工资实际是上年12月份到本年11月份对应的工资单上的实发工资。由于以上多个原因交互存在，很可能造成个人所得税对应工资和实际发放工资不一致。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第一条 在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。在中国境内无住所又不居住，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计不满一百八十三天的个人，为非居民个人。非居民个人从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。纳税年度，自公历一月一日起至十二月三十一日止。