通关手续流程如下：
由拱北口岸通关至澳门以及从九州港通关至香港，通关通道都分开为人工通道和自助通道。自助通道也分为港澳居民和非港澳居民两片区域的通道 ：
1.等到你面前就是那台机子之后，把电子通行证放在玻璃上面进行扫描 （不用等前面那一位完全走过才把证件放上去 当前面那位扫描好证件进去闸口就可以把证件放上去了）。当前面的人出闸之后，在证件无误的情况下，把你的右手的大拇指放上去，小头要对准显示屏上的摄像头， 进行面部识别，这时候搞定了一般就可以出闸啦 ！（放心即使卡在那里出不来 公安边检会来给你手动操作的）
PS：
1.各地区对自助通关的年龄限制有所不同。内地口岸边检机关对7周岁以上、已留存指纹信息的持证人，允许自助通关。而香港和澳门地区则分别规定，16周岁和11周岁以上人员方能使用自助查验通道。
2.第一次使用自助通关进入港澳的朋友注意：第一次自助通关，内地的关闸对港澳都是没有影响的 ，一律可以走自助通道，出境大陆之后，澳门允许第一次自助通关继续使用自助通关通道，但是香港方面规定，第一次使用自助通关的朋友，出境大陆后进入香港关口必须通过人工通道进入香港，然后以后的第二次第三次无数次进入香港你两边都可以走自助通道啦！
补充场景：
情境一：离开大陆前往香港或澳门：
流程1：于大陆海关检查点出境（离开大陆）时可直接凭电子通行证在自助设备上核验通关。
流程2：于香港海关检查点入境（进入香港）时，首次使用电子通行证的应在人工柜位核验，非首次使用电子通行证的可在自助设备（e道）上核验通关。于澳门海关检查点入境（进入澳门）时，年龄在11周岁以上的可以使用电子通行证在自助设备上核验通关。
情境二：离开香港或澳门返回大陆：
流程1:于香港海关检查点出境（离开香港）时，可使用电子通行证在自助设备（e道）上自助核验通关。于澳门海关检查点出境（离开澳门）时，年龄在11周岁以上的可以使用电子通行证在自助设备上核验通关。
流程2:于大陆海关检查点入境（进入大陆）时可直接凭电子通行证在自助设备上核验通关。
情境三：离开香港前往澳门：
流程1:于香港海关检查点出境（离开香港）时，可使用电子通行证在自助设备（e道）上自助核验通关。
流程2:于澳门海关检查点入境（进入澳门）时，年龄在11周岁以上的可以使用电子通行证在自助设备上核验通关。
情境四：离开澳门前往香港：
流程1:于澳门海关检查点出境（离开澳门）时，年龄在11周岁以上的可以使用电子通行证在自助设备上核验通关。
流程2:于香港海关检查点入境（进入香港）时，首次使用电子通行证的应在人工柜位核验，非首次使用电子通行证的可在自助设备（e道）上核验通关。
以上四种情境应该包含了各种可能情况。
提示：
1.不论从大陆还是从澳门，只要进入香港，且首次在香港海关处使用电子通行证的，都要在人工柜位核验。
2.从香港前往澳门并从澳门返回香港如符合附带行程（side
trip）的规定，可以只使用一次香港签注。
可参考《从内地来港人士入境安排》：http://www.immd.gov.hk/sc/services/hk-visas/overseas-chinese-entry-arrangement/mainland-china.html#side_trip
3.建议持电子通行证的朋友前往香港时于福田口岸通关，福田口岸优势如下：
a.深圳处有地铁龙华线接驳（福田口岸站），香港处有钢铁东铁线接驳（落马洲站）；
b.福田口岸相较于罗湖口岸通关速度会快一些；
c.福田口岸内指引明确，香港海关处的e道也是最新的通用型e道（大陆、香港居民可混用），使用更方便。
当然如果离蛇口较近的话也推荐深圳湾口岸。
4.在大陆海关检查点的自助设备上，电子通行证要正面（照片面）向上，在香港海关检查点的自助设备（e道）上，电子通行证要反面（签注面）向上。
e道使用方法可参考：http://www.gov.hk/sc/nonresidents/visarequire/echannel/eeep.htm