农业地质调查，能够全面反映农业生态要素中的地质因子及地质因子的影响作用，从而可以进行农业生态地质类型的划分，并确定其区域主导因子及参数，以指导农业生产。目前中国农业地质调查工作仍处于实验阶段，因而无统一的规范和标准。
农业地质调查一般是以农业地球化学调查为基础，联系区域地壳表层地质背景及演化，基岩和成土母质的组成、结构和物质循环，分析地下水及土壤水分的分配和分布，调查土壤吸力状况，尤其是植物营养元素的背景含量及分布状况，划分农业土地生态环境类型，分析土地利用现状及潜力，农业污染及农业灾害的类型及对策，综合评价区域社会经济环境对农业生产环境的影响，提出农业生态环境保护和合理利用的对策。
1.生态地质背景调查
区域地壳表层物质组成与结构调查 包括岩石类型、特殊地质体的分布（如超基性岩、花岗岩、剪切带、破碎带等）、区内传统矿产与非传统矿产的类型及分布。这些都是基础地质调查的主要内容，但需要从农业地质背景角度进行分析和总结。
区域地球物理场和地球化学场调查 包括重力场、磁场、放射性场、地球化学场、地热场及应力场等，注重分析其本底，异常形态特征、组合、分带性，判别其主导因素。
区域地壳演化史调查 对区域内的造陆、造山作用，时间、类型、演化阶段的调查，尤其是对第四纪以来地壳运动的调查，为研究该区环境演化规律提供基础资料。另一个重点是现代地壳运动及其环境效应，调查区域地壳升降趋势及速率，区域气候和自然环境等迁移和趋势。
区域地质灾害调查 调查区内地壳稳定性、地震、地裂、滑坡、泥石流等地质灾害，并对水土流失、沙漠化、盐渍化等环境灾害形成的地质因素进行调查和评价。
2.基岩与成土母质调查
基岩的矿物和化学组成调查 调查不同类型基岩的主要矿物、次要矿物、副矿物、常量元素、微量元素（有益元素和有害元素）等。这些内容在区域地质地球化学调查中已有许多资料可参考，但在微量元素分析项目上，要突出农业化学元素，注意收集和补充。
成土母质的调查 成土母质是基岩表层的疏松物质，它们可能是水下沉积物（砂、砾、泥），也可能是地表沉积的（洪积、波积、残积、风积），甚至是一些成熟度很低的沉积岩，如黄土、红土等。成土母质调查既是区域表生地质和地质化学调查的主要内容，又是农业地质调查的主要内容，二者在元素选择和研究重点上有所不同。农业地质侧重于这些物质的形成和运移，风化和搬运作用在不同地段的发育程度和速率，在元素的研究上，更侧重于与农业有关的有机物和微量元素。
农业水文地质调查 调查基岩裂隙带的分布与密度，表层松散物的孔隙度、渗透性，地下水供给状况（潜水面深度，地下水运动方向及速率，地表水渗透速率及滞留时间，给水和排水区的分布等）、深层水的水储量和水质，土壤保水能力（土壤水的分配、有效水分、季节分配、土壤水的动态）等。
3.土壤地球化学调查
土壤地球化学本底调查 又称为土壤地球化学背景调查，其中心任务是调查区内土壤中的营养元素和有害元素（包括污染元素）的背景值、衬度及异常情况，包括不同层位和不同粒级中的元素背景值；不同类型元素的背景值；元素地球化学赋存状态及迁移性。
土壤微量营养元素的空间分布规律调查 主要指Zn、Cu、Fe、I、Se、Cr、Co、Mn、Mo、Ni、V、B等在植物生长中的作用。调查区域空间及不同类型土壤中存在的营养元素的种类、含量、元素组合、分布规律及存在形式及来源，讨论其有效性及利用率，分析这些元素的生物地球化学循环及平衡过程，提出最佳浓度标准及保证措施。
土壤中有毒有害元素地球化学调查 调查土壤中有毒有害元素的含量（如Pb、Sb、Hg、Cd等）以及某些限量元素（如V、F、Mo、Se等）的含量，调查它们在各种植物及农业品中的含量，分析其分布状况，讨论其积累速率和排出条件，重点了解这些元素在食物链中的传递和积累过程，确定其损害类型和强度。
土壤中微量元素的生态环境效应调查 主要包括区域土特名优农林副产品的地球化学因子，及其生长环境的土壤地球化学和地方病与微量元素缺乏症或高含量。
土壤发生学调查 主要调查成土控制因素及其重要性，土壤发育程度及其分布规律，土壤对成土母质与基岩的继承性及变化性，影响土壤演化的主导因素，土壤发育的趋势及保存条件，土壤灾害及土壤问题等。
土壤—生物链间元素迁移和循环规律研究 在上述调查基础上，通过对土壤与农作物间营养元素、有益微量元素、有毒有害元素的含量对比，农作物、饲料、动物体之间元素含量对比，讨论土壤—生物链的微量元素循环，如有可能最终编制土壤—生物地球化学图。