北京协和医院自2002年与邮电总医院合并后，成为中国医学科学院北京协和医院，医院规模进一步扩大。目前，医院占地面积显著，总建筑面积达19万平方米，拥有1836张住院床位。正在进行的扩建工程包括30万平方米的干部保健基地和门急诊大楼，以及手术科室楼的改造，旨在提升医院的整体服务环境。
医院设有25个管理职能部门、39个临床科室和13个医技科室，其中9个为教育部重点学科，涉及12个科室，2个为北京市重点学科。医院拥有先进的科研平台，如临床药理中心、中心实验室和实验动物中心，是国内科研实力的重要支柱。
医院拥有3982名在职员工，其中包括528名正副教授级高级人才，拥有1名中国科学院院士和3名工程院院士。在学术界，医院的专家学者在多个学术团体中担任重要职务，如中华医学会和北京医学会的名誉及正、副主任委员，以及国家级医学杂志的名誉总编和副主编。
在科研方面，医院近二十年来取得了显著成绩，获得国家科技进步奖23项，省部级科研奖超过120项。近年来，医院承担国家级科研课题163项，省部级课题170余项，其中包括102项国家自然科学基金项目。在学术发表上，医院在国内外发表学术论文6000余篇，其中在SCI收录的国际期刊上发表IF值大于1.0的论文约200篇。
作为协和医科大学的重要临床教学基地，医院坚持优良的教学传统，注重培养具有临床思维能力的医学生。医院为全国输送了众多医学人才，包括学科带头人，对我国医学事业的发展做出了重要贡献。医院目前拥有72名在职博士生导师、175名硕士生导师，设有13个博士点和19个硕士点，每年培养研究生400余人，每年毕业博士、硕士研究生100名左右，临床医学专业为一级学科博士学位授权点，且设有北京协和医学院唯一的临床博士后流动站，已培养博士后60多人。同时，作为全国临床培训基地之一，每年接纳进修生约600名。
北京协和医院是一所位于北京市东城区，集医疗、科研、教学为一体的大型综合医院。它隶属于中国协和医科大学(2006年改为北京协和医学院/清华大学医学部)，是其的临床医学院，同时也是中国医学科学院的临床医学研究所，中华人民共和国卫生部指定的诊治疑难重症的技术指导中心之一。北京协和医院在中国乃至世界享有盛名。医院成立于1921年。现任院长赵玉沛。北京协和医院是中国最早承担外宾医疗任务的单位，医院专门设立外宾和高干门诊部，开设专门的高干、外宾、特需病区。2006年7月28日被中国奥委会定为“国家队运动员医疗服务指定医院”。