昆山市教育局内部设有多个职能机构，各司其职，共同推动教育工作的高效运行。以下是各部门的主要职责：
党政办公室（挂“昆山市人民政府教育督导室”“市语言文字工作委员会办公室”）
负责综合协调重要党务、政务及事务，包括拟定年度计划、文件管理、会议组织、文秘工作、人民来信来访、车辆管理、机关大院管理等。
负责市语委日常工作，推动国家语言文字法规的实施，监督学校普通话和文字规范化教育，并提供相关培训服务。
承担全市教育督导工作，确保教育质量。
组织人事科
负责直属单位党的组织建设，人事、劳动工资、保险福利等管理工作，以及教师队伍建设和校长考核。
负责师范生就业指导和非师范生招聘，指导学校人事制度改革，以及教师资格认定和专业技术职务评审等工作。
基础教育科
统筹基础教育，参与规划和指导学校常规管理、教学和招生工作，负责中小学教材征订和评估工作。
指导德育、体育、艺术等多方面教育，评估苏州市级基本现代化示范幼儿园。
职业教育和社会教育科
协调成人教育和职业教育，负责发展规划、教育教学管理，以及成职教统计和干部、师资队伍的培养。
负责社会力量办学审批、管理和评估，协助举办计算机和通用外语等级考核。
发展规划与财务科
指导学校布局调整和财务管理，管理教育经费，负责教育附加费的征收与使用，监督预算执行。
负责固定资产管理和审计，确保教育经费投入的合理使用。
纪检监察室
负责党风廉政建设，处理违犯党纪的案件，受理党员申诉和检举控告。
政保科这些部门共同构建了昆山教育体系的坚实框架，确保教育工作的顺利进行。