1.1 游戏开始
选择男/女主角，玩家的对手将是跟玩家性别相反的人物。给主角起好名字后就可以进入丰缘地区。 首先，玩家会出现在未白镇的一辆小货车里。下车后，妈妈让玩家上楼去调整时钟。调好后从旁边的电脑里取出伤药，之后下楼。妈妈叫玩家过来看电视，说玩家老爸上电视了。可是等玩家走到电视机前，节目却结束了。接着，妈妈说博士就在这儿，让玩家去找他。来到研究所，博士不在。再去自己家隔壁的房间，先和对手的母亲寒暄一番，这着上楼后调查一个精灵球，玩家的对手就会出现。对话后走出房子，往上离开未白镇时，发现博士正被一只蛇纹熊追赶，他让玩家在旁边的背包里选择一只PM参加战斗，赶跑蛇纹熊。
NO.001 木守宫 草系 NO.004 火稚鸡 火系 NO.007 水跃鱼 水系 （注：对手会选择在属性上克制玩家的精灵。三个都很强） 赶跑蛇纹熊后，回到研究所，博士会把玩家选的这只精灵送给玩家，并且要玩家去103号道路找他的孩子，也就是玩家的对手。穿过101号道路就是古辰镇了，在右边的屋子里有个大婶会送玩家伤药。古辰镇上方是103号道路，在那里击败对手后，回到未白镇的研究所，博士会送玩家图鉴，对手也会给玩家5个精灵球。离开研究所，妈妈还会送玩家跑步鞋，之后就可以在前进的时候按住B键以2倍的速度跑步前进了。 穿过102号道路来到橙华市，先去上方的训练馆。馆主是玩家的爸爸，对话的时候会出现一个叫道夫的绿头发男孩，帮他抓完拉鲁拉丝后，爸爸会告诉玩家，让玩家收集4枚徽章后再来这里挑战。离开橙华市，在104号道路发现一间无人的屋子，先不用理他，继续前进。104号道路的上方是橙华森林。在前进的途中会遇到得文公司的一名职员，他被水舰队的一名小兵拦截了。击败小兵后会获得一个超级球。走出森林，还是104号道路，在这里的一间屋子里可取得吼吼鲸喷壶。（吼吼鲸喷壶是可以使植物种子生长，但若是玩家的游戏版本不分白天黑夜，那种了也是白种，纯属浪费……）继续前进，抵达卡那兹市。
1.2 卡那兹市训练馆的资料
岩石系训练馆
NO.074 小拳石 12级 NO.074 小拳石 12级 NO.299 朝北鼻 15级 【如果是火主推荐练到16级再打，用2连踢】 走出训练馆，会遇到刚才的职员与小兵。上前对话后往右走到116号道路。在最右边有条隧道，洞口有个老头说他的长翅鸥被水舰队的人抢走了。进去后会看到刚才的小兵和长翅鸥，击败他后会得到一个超级球，把长翅鸥还给老头后就可以回卡那兹市了。找到刚才的职员，他会带玩家到得文公司找他的BOSS，BOSS会送玩家一个导航机，还让玩家给一个正在武斗镇、叫代后的人送信。之后在卡那兹市下方会遇到对手，他会向玩家挑战。 对手资料 长翅鸥 13级 或者煤炭龟 13级 克制玩家的那只PM 15级 回到橙华森林下面的无人小屋，跟刚才的老头对话，他会送玩家到武斗镇。
1.3 武斗镇训练馆的资料
格斗系训练馆 NO.066 腕力 16级 NO.307 玛沙那 16级 NO.296 幕下力士 19级 【这里推荐去抓一只勾魂眼来打】 挑战完毕后往西北走，有个山洞，进去后跟里面的矿工对话可得到秘传机05闪光。山洞里需要使用闪光，在深处即可找到代后，把信给他后会得到招式机47钢翼，之后如果回到得文公司找BOSS还会得到学习装置。再去找那个老头，他会送玩家去凯那市。 刚到达凯那市，会发现在水族馆门前有许多水舰队的人。在下方的造船厂二楼跟一名老伯对话后，就可以进入水族馆了。在二楼击败两名小兵后即可离开凯那市。 在110号道路会遇到对手，以下是对手的资料： 长翅鸥 13级 熔岩虫 15级 森林蜥蜴 20级 击败他后可获得探宝仪。继续前进可到达紫堇市。在训练馆门前会遇到道夫，跟他对战后才可以进入训练馆。 以下是道夫的资料： 拉鲁拉丝 16级
1.4 紫堇市训练馆的资料
电系训练馆 口袋妖怪全集下载
[1] NO.100 雷电球 20级 NO.309 落雷兽 20级 NO.082 三合一磁怪 22级 NO.310 雷电兽 24级 【这里最好练一只小拳石，地震很方便，或者用沼跃鱼的泥浆喷射】 在精灵中心右边的屋子里可获得一辆自行车，有快速自行车和跳跃自行车两种，分别有不同的功能，以后可随时来换车。在右下角的屋子里可获得秘传机06碎岩。往左走是117号道路，这里有饲养屋，可放精灵到这里生蛋。继续前进就到绿荫镇了。 在绿荫镇的上方有条隧道，把路上的岩石用碎岩劈掉后可获得秘传机04怪力。回到紫堇市，(往右走，有一个小沙滩，朝沙滩上的一块岩石上一点，就可以找到东西)往上走来到111号道路，这里有竞速塔，上方是沙漠地带，暂时还不能进去。往左走，在112号道路那里有一条火之捷径，走过去后发现已经穿过了沙漠地带。继续前进，穿过113号道路后来到秋叶镇。 秋叶镇的左边是114号道路，继续前进会到达流星瀑布。在流星瀑布里面会遇到水舰队和火岩队的人，对话后得知他们正在争夺一颗化石。之后回到112号道路，在火之捷径的旁边有缆车，乘坐缆车即可到达凹凸山的山顶（下车后向右上走，那个黄色的两个一组的横格为楼梯,由此再向上）。击败火岩队的首领后可取得化石，之后可会秋叶镇把化石交给之前在流星瀑布里的那名研究员。 以下是火岩队首领的资料： 喷火驼 18级 大狼犬 20级 超音蝠 22级 喷火驼 22级 下山后可来到釜炎镇。
1.5 釜炎镇训练馆的资料
火系训练馆 NO.218 熔岩蜗牛 24级 NO.322 呆火驼 24级 NO.323 喷火驼 26级 NO.324 煤炭龟 29级 【这里推荐抓一只玛力露来打】 走出训练馆会遇到对手，他会给玩家一个躲避沙尘暴的道具，以后就可以去沙漠了。（注：在沙漠里有一座时有时无的虚幻塔，在里面可捡到一块化石。）现在已经收集够4枚徽章了，回到橙华市，向爸爸发出挑战。
1.6 橙华市训练馆的资料
普通系训练馆 NO.327 晃晃斑 27级 NO.264 直冲熊 29级 NO.288 过动猿 27级 NO.289 请假王 31级 【这里要靠等级压制，或者就用勾魂眼】 打败爸爸后，道夫的爸爸会出现，并送玩家秘传机03冲浪。在这同时，之前开船的那位老头也会回到家里。（386再加：去紫堇市，看到紫堇市道馆馆主在，上前与他对话，他让玩家去110道路的新紫堇开闸门，玩家冲浪冲到另外一边的自行车道下面，旁边有个洞，进去，就是新紫堇，注意：那里有传说中的闪电鸟~50级左右，还有雷吉斯奇鲁，50级！还有雷公！注意50级!!）去紫堇市，在右边使用冲浪来到118号道路，在这里会遇到代后。往上走是119号道路，这里有高草，只能走路前进。在119号道路的最上方，有一间气象台，里面被水舰队占领了。 击败二楼的Boss后，气象台所长会送玩家一只漂浮泡泡。 以下是水舰队小头目的资料： 巨牙鲨 28级 大狼犬 28级 出气象台，过桥后会遇到对手，以下是对手的资料： 熔岩虫 29级 莲帽小童 29级 森林蜥蜴 （根据玩家开始的怪兽选择而定）31级 打倒他后会得到秘传机02飞天。继续前进来到茵郁市。茵郁市的训练馆门前不知有什么东西挡住，无法进去，只好继续赶路。 在120号道路的桥上会再次遇到代后，他告诉玩家那种透明的东西是变隐龙变的，并给玩家一瓶可令变隐龙显身的喷雾剂，让玩家击败或收服前面的变隐龙（30级）。回到茵郁市，对训练馆门前的变隐龙使用喷雾剂即可进去。
1.7 茵郁市训练馆的资料
飞行系训练馆 NO.333 青绵鸟 29级 NO.357 热带龙 29级 NO.279 大嘴鸥 30级 NO.227 盔甲鸟 31级 NO.334 七夕青鸟 33级 【首先去114号道路冲浪抓一只水跃鱼，练高一点去用急冻光线可以很轻松】 继续前进，在121号道路会遇到火岩队的人，来到水静市后发现城市已经被水舰队占领。在上方的百货大楼门前会看到对手，在这里可与对手进行联盟比赛前的最后一次比赛，以下是对手的资料： 热带龙 31级 熔岩虫 32级 大嘴鸥 32级 森林蜥蜴 34级 打败他后，他就飞回家去了。在水静市最右边，发现入海口被吼吼鲸封锁，从水舰队的小兵口中得知火岩队大军压至落日山。在121号道路使用冲浪来到122号水路，水路中间的小岛既是落日山。上山打败火岩队的人吧。 回水静市通过小道消息打听到在凹凸山异常现象（不打听也可进入剧情），立即飞往釜炎镇，坐缆车上山。上到山顶后往下走（直接去乘缆车上去，然后在向下去釜炎镇在路上就会出现洞口进去就可以进行剧情了），会有一阵地震，之后在山腰上会出现一个山洞，里面就是火岩队的秘密基地。在深处遇到火岩队首领，固拉多也在那里。对话后要与首领对战，以下是火岩队首领的资料： 大狼犬 37级 大嘴蝠 38级 喷火驼 39级 对话后固拉多逃跑，火岩队首领也离开。 之后飞到凯那市，在上方的船厂里发现潜水艇被水舰队盗走。飞回水静市，在右上方的水域里可进入水舰队的秘密基地，在深处发现水舰队的首领已坐着潜水艇逃走。另外，在这个基地里还可捡到一个大师球。离开秘密基地，往右穿过124、125号水路，即可来到绿岭市。
1.8 绿岭市训练馆的资料
超能力训练馆（2 VS 2模式） NO.278 天然鸟 and NO.344 念力土偶 41级 NO.337 月石 and NO.338 太阳岩 42级 【这里比较推荐用冲浪，威力高而且是二体攻击】 在绿岭市右边有一所研究所，里面被火岩队占领。来到二楼，发现代后正被一个小头目和首领缠住，上前便可与代后组队作战，每人可用3只精灵。 以下是火岩队资料： 喷火驼 36级 and 大狼犬 42级 喷火驼 44级 and 叉字蝠 40级 大嘴蝠 43级 and 大狼犬 38级 以下是代后的资料： NO.375 巨金怪 42级 NO.227 盔甲鸟 43级 NO.306 钢甲暴龙 44级 打败火岩队的人后，去绿岭市左上角的屋子，代后会送玩家秘传机08潜水。离开绿岭市，在127号水路使用潜水，在水中一直往下走，进入一个洞窟，发现潜水艇就在这里。上岸后击败路上水舰队的人，来到深处，遇到水舰队首领，还有盖欧卡。{海底洞窟的石头过法，先推第一层中间的向上，左右的分别推向左右两边，之后第二层的中间推左，再把中间的推上，左右的分别推向左右两边，再把第五层第二和第四分别向上推，中间的推左，完成！！！}对话后要与水舰队首领对战，以下是水舰队首领的资料： 大狼犬 41级 大嘴蝠 41级 巨牙鲨 43级 回话后盖欧卡溜走，首领也离开。离开洞窟，上岸后发现天气大变，还会遇到两个队的首领与代后。 游到126号道路，使用潜水，在中间上浮，即可到达琉璃市。固拉多和盖欧卡正在这里战斗。与代后对话，他会让玩家进入觉醒寺。在觉醒寺深处找到Wallace，对话后他让玩家去天柱找他。离开琉璃市，游到131号水路，在水路的中间往上拐即可抵达天柱。在天柱顶层遇到烈空座后，即可飞会琉璃市。 回到琉璃市，等烈空坐化解了灾难后，可获得秘传机07登瀑，之后可以去打训练馆。
1.9 琉璃市训练馆的资料
水系训练馆 NO.370 爱心鱼 41级 NO.364 海魔狮 43级 NO.340 鲶鱼王 41级 NO.342 铁螯龙虾 43级 NO.230 刺龙王 46级 【推荐用电系和草系，不过都到这里了用等级压制吧】 故事讲到这里，就可以去天柱捕捉烈空坐了，2楼需要用快速自行车冲过去（3格加速），在天柱顶层会遇到烈空坐，有70级哦 在128号水路使用登瀑即可抵达精灵联盟前面的冠军之路，在这里需要使用秘传机03、04、05、06、07才能过去。在冠军之路1层会遇到道夫，以下是道夫的资料： 七夕青鸟 44级 沙奈朵 45级 毒蔷薇 44级 优雅猫 43级 三合一磁怪 41级 闯过冠军之路后就抵达精灵联盟了。门卫验证玩家拥有所有徽章后即可为玩家打开胜利的道路。
1.10 四大天王和冠军的资料
天王1－Sidney，邪恶系天王 克制恶系的属性：格斗、虫；被恶系克制的属性：超能、鬼 L46 大狼犬:撒沙+咬碎+舍身踢+吼叫 L48 狡猾天狗:神通力+挑衅+虚张声势+影分身 L49 阿勃梭鲁:剑舞+燕返+切裂+岩崩 L48 铁螯龙虾:剑舞+乘浪+怪力+空元气 L46 梦歌奈亚:孢子+寄生种子+暗算+针刺臂膀 【推荐：火焰鸡易果石秒杀】 天王2－Pheobe，鬼魂系天王 克制鬼系的属性：鬼本身、恶；被鬼系克制的属性：鬼本身、超能 L48 夜巨人:保护+奇异光线+影拳+诅咒 L51 夜巨人:冰光+影球+岩崩+地震 L49 诅咒娃娃:鬼火+怨念+暗算+影球 L49 诅咒娃娃:空元气+精干+影球+十万 L50 勾魂眼:影分身+黑夜魔影+影球+暗算 【两个压力特性很耗PP值，推荐练一只鬼系】 天王3－Glacia，冰系天王 克制冰系的属性：火、格斗、钢、岩石；被冰系克制的属性：草、飞行、龙、地面 L50 海魔狮:冰雹+压制+鼓掌+冰球 L52 海魔狮:冰雹+暴风雪+着迷+舍身攻击 L53 帝牙海狮:冰光+冲浪+压制+绝对0度 L50 冰鬼护:咬碎+冰光+光壁+冰风 L52 冰鬼护:大爆炸+影球+冰雹+冰光 【推荐：火焰鸡易果石】 天王4－Drake，龙系天王 克制龙系的属性：龙本身、冰；被龙系克制的属性：龙本身 L52 甲壳龙:岩石封杀+龙爪+保护+舍身攻击 L54 七夕青鸟:舍身攻击+龙舞+龙吐息+燕反 L53 沙漠蜻蜓:火放+龙吐息+地震+咬碎 L55 暴蝾螈:火放+咬碎+岩崩+龙爪 L53 刺龙王:压制+龙舞+烟幕+冲浪 【推荐：巨沼怪 急冻光线 蜥蜴王 龙之爪】 联盟冠军－Wallace L57 吼鲸王:求雨+喷水+舍身攻击+暴风雪 L58 美纳斯:再生+剧毒+冲浪+冰光 L56 乐天河童:亿万吸+寄生种子+影分身+冲浪 L56 鲶鱼王:地震+冲浪+呆呆+破坏光线 L55 毒刺水母:水压+剧毒+毒炸弹+冰光 L56 暴鲤龙:龙舞+地震+破坏光线+冲浪 【这里要用等级压制，属性克制不太管用】 打败冠军后，玩家就成为了新一届的联盟冠军，之后Wallace会带玩家进入冠军殿堂，记录玩家的精灵。之后就通关了。
1.11 通关后内容
通关后，玩家会回到家里。爸爸会给玩家一张船票，以后就可以去凯那市或者水静市坐船了。之后看电视，上面说有不明精灵在丰缘地区飞行，妈妈问玩家是拉帝欧斯还是拉帝亚斯，玩家选择哪只，以后就会遇到哪只水都。走出屋子，博士会帮玩家把图鉴升级为386版，之后在狩猎区就可以抓到金银版的精灵了。 坐船来到对战开拓区，这里是以前红、蓝宝石中战斗塔的所在地，现已改建为更大的对战地区，这里有7种对战设施，暂时不一一作介绍。在对战开拓区的最右边，会看到一个奇怪的树，对着它使用吼吼鲸喷壶，就会出现胡说树，40级。收服胡说树后，在它挡住的地方使用冲浪，一直往左走可进入一个洞窟，在里面有大量的图图犬。 暂时离开对战开拓区，在119号道路的气象台所长那里得知，某号道路（随机变化）的天气有异常状态，之后立即到那条道路。如果那里是出大太阳，则要寻找一个山洞，固拉多在里面；如果那里下大雨，则要寻找一小块可以潜水的水域，里面呆着盖欧卡。两只神兽各70级。 看过电视后，在丰缘地区的某条道路会随机出现拉帝欧斯/拉帝亚斯，40级。
1.12 三神柱事件
先去134路，到一块在急流里可以潜水的地方，到洞底，阅读墙上的文字，再使用挖洞（DIG），门会打开。进门，阅读文字，把321号放在第一位，把369号放在最后再读一遍，会发生地震，所有神柱的门会打开。 1.雷吉洛克（377）： 他的洞在沙漠南边，到了以后，阅读墙上的文字，然后向左走两步，向下走两步，使用碎石（ROCK SMASH）门会开，40级 2.雷吉艾斯（378）： 他的洞在105路上，到了那里后，阅读文字，然后顺时针围绕洞跑一圈（一定要靠墙）跑完后，门就会开，40级 3.雷吉斯奇鲁（379）： 最后的洞在120路上，找到后，读墙上的文字，走到房间中间，使用闪光门就会开，40级 当玩家收集了丰缘地区的所有PM图鉴时，博士会给玩家以下三只精灵的其中一只： NO.153 菊草叶 NO.155 火球鼠 NO.158 小锯鳄
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