据《日本国史略》提到：“孝灵天皇七十二年，秦人徐福来。（或云，徐福率童男女三千人，赍三坟五典来聘。福求药不得，遂留而不归。或云，止富士山。或云，熊野山，有徐福祠。）”说徐福带童男童女来日本修好，贡上三坟五典而寻求仙药，然而不得仙药，只得定居下来。在《富士文书》中则提道徐福来到日本，协助当地农民耕种，带来一些新的技术。到达日本后，徐福再没有返回中国，而且没有得到长生不老药，担心秦始皇追杀，要求同行男女各自改姓成为“秦”、“佃”、“福田”、“羽田”、“福台”、“福山”等姓氏。巧合的是，连云港市现有云台山脉，姓氏都与山有奇特渊源。日本和歌山县新宫市都还有姓秦的日本人，有些家门口楼上还仍然刻着“秦”字。
还有一种主流说法：徐福到了琉球群岛或是到了渤海湾中的一个小岛再到济州岛。于大海上遇到风暴失踪或沉船。
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