四川大学华西第二医院的儿科（一）神经/消化科，起源于2005年，现已发展成为西南地区知名的神经及消化疾病专科。该科室设有32张床位的专科病房，包括儿童神经发育与康复中心、神经电生理检查中心等，共有高级职称医生5名，中级职称医师4名，康复技师、神经电生理技师等技术人才，以及资深护士队伍。科室与国际知名医院有合作关系，引进先进诊疗技术。在神经系统疾病如癫痫、感染性疾病和发育异常、肌肉病变等方面有丰富的诊治经验。消化专业则擅长处理如急性腹泻、慢性胃炎等疾病，成功救治过严重消化系统疾病重患。儿科（二）则下辖肾脏、呼吸及内分泌三个专业，是西南最大的儿童肾脏病诊治中心，拥有高素质的医疗团队和先进的设备，致力于儿童肾病、呼吸疾病和内分泌疾病的治疗研究。
儿童心血管科/儿童心血管疾病介入诊疗中心自七十年代起发展，作为国内早期成立的儿科心血管亚专业，尤其在先天性心脏病介入诊断和治疗方面处于国内领先。该中心拥有一批知名专家，设备先进，与国际顶级心脏中心保持技术交流，已完成5500余例先天性心脏病手术。科室在小儿心血管疾病的基础及临床研究上成绩显著，是西南最大的儿科学三级学科和全国代表性的心脏病介入诊疗中心之一。
四川大学华西第二医院/四川大学华西妇产儿童医院集医疗、教学、科研和预防保健为一体，是西部规模最大、历史最悠久的三级甲等妇产儿童专科医院，直属卫生部。