黄建书教授自2000年以来在生物学教育领域发表和出版了一系列有价值的论文与论著，以下是部分代表作的概述：
1. 高考生物分项解题能力新导精练 (论著) - 2001年8月，陕西人民教育出版社，主编，总计23万字。
2. 生物探究教学 (论著) - 2006年1月，苏州大学出版社，全书编撰，共35万字。
3. 引导学生开展探究式学习的基本策略 (论文) - 2002年4月，《中学生物教学》(陕西师大)，全文撰写，约5,600字。
4. 现代信息技术环境下的课堂教学设计 (论文) - 2003年1月，《中学生物教学》，全面探讨，4,800字。
5. 中学理科实验教学发展趋势的思考 (论文) - 2002年第1期，《实验教学与仪器》(教育部基础教育课程教材发展中心)，第一作者，3,500字。
6. 高中生物重点、难点概述 (论文) - 2000年第3期，《中学生物学》(南京师大)，全文负责，6,800字。
7. 基于新课程的生物形成性课堂教学评价方案 (论文) - 2004年第10期，《中学生物教学》，全面研究，4,200字。
8. 让学生在探究式学习中自主构建知识 (论文) - 2004年第5期，《中学生物学》，深入探讨，5,300字。
9. 高中生物教学中研究性学习的开展 (论文) - 2003年第12期，《江苏教育研究》(省教科院)，全书撰写，3,500字。
10. 教学研究与高考研究的整合 (论文) - 2004年第3期，《新课改导刊》(江苏教育出版社)，全面论述，5,300字。
11. 把握实验命题思路，应对新高考 (论文) - 2003年10月，《新高考》(江苏教育出版社)，全文探讨，3,000字。
12. 生物学高考多选题浅析 (论文) - 2003年第3期，《中学生物学》，全面分析，7,000字。
13. 实施课题研究的基本方法 (论文) - 2003年第5期，《中学生物教学》，详细阐述，3,600字。
14. 模型方法在提高生物科学素质中的功能 (论文) - 1999年第4期，《中学生物教学》，深度探讨，4,400字。
15. ATP——能量的货币 (论文) - 2001年第2期，《中学生物教学》，全面解读，4,000字。
16. 高中生物学研究性学习的课题设计和组织实施 (论文) - 2001年第5期，《生物教学与实验》(浙江师大)，全面负责，3,800字。
17. 渗透科学技术教育的途径与方法 (论文) - 2001年7月，《中小幼科技教育实验与探索》(科学出版社)，全书编撰，11,000字。
18. 用问题唤起学生思维 (论文) - 2000年4月，《生物学通报》(中国动物学会、北京师大等)，第一作者，3,000字。
19. 努力提高复习有效性 (论文) - 2005年11月，《现代快报》，全面论述，3,000字。
20. 探究能力培养的基本途径 (论文) - 2005年第6期，《网络科技时代》，深入研究，4,000字。