果树的砧木根据嫁接后生成的植株高矮、大小，可分为乔化砧和矮化砧两大类。
乔化砧多数比较高大。其根系发达，固地性、抗逆性均较强，适应范围广，与栽培品种嫁接亲和力强。播种后长出的实生苗，可直接嫁接栽培品种，培育成乔砧果苗。矮化砧，植株比较矮小紧凑，其根系不发达，固地性差，不抗风，易倒伏，抗寒、抗旱、抗涝、耐瘠薄、耐盐碱、抗病虫能力均较强，适应性不强，某些种类与栽培品种嫁接亲和力较差，或表现明显的大（小）脚现象。
矮化砧木的利用有自根砧和中间砧两种方式。自根砧又分为实生自根砧和营养繁殖自根砧。从国外引进的矮化自根砧，多是营养繁殖，将矮化砧压条繁殖出自根砧苗，其上直接嫁接栽培品种接芽（穗），培育成矮化自根砧苗；我国各地选出的矮化砧木，一般多用种子繁殖实生砧苗，在其上直接嫁接栽培品种接芽（穗），培育成矮化自根砧苗。凡从国外引进的矮化砧
无性繁殖的矮化果苗，一般都要求高肥水栽培条件，需设支架栽培。而利用国内各地区选育的实生矮砧育成的矮化果苗，往往有较好的适应性和较高的应用价值。矮化中间砧果苗由三部分组成：下面是实生乔砧，中间嫁接具有一定长度的各种类型的矮化中间砧段，上面嫁接栽培品种。由于实生基砧适应当地土肥水条件，矮化中间砧又能起到矮化作用，所以在生产中被广泛采用。