柯南最后找到了黑衣组织本部，独自前往。后来被琴酒发现，欲杀死柯南，却被突然闯进的哀所救，而哀被伏尔加抓住。柯南逃走后用一个什么方法我忘记了（汗……）骗得了解药，给哀服下后，哀恢复了原状。不过最后还是被琴酒识破，抓住了柯南和哀。带他们见到了黑暗组织头目，发现组织头目原来是内阁大臣！黑衣组织完全隶属于政府！
原来，天皇留下了一份很难理解的遗诏，当中提到了“黑暗…云云”，被政府误以为是要建立黑暗组织。而柯南破解了其真正意思，其实是天皇为日本的未来而担忧…
知晓遗诏真正意义的内阁大臣万念俱灰，萌生解散黑衣组织的想法，却在这时被琴酒射杀。就在琴酒要杀死众人的时候茱蒂老师（苦艾酒）挟持伏尔加要逃走，琴酒毫不犹豫的杀死了伏尔加，同时将茱蒂打成重伤，而哀却在这个时候再次变小昏迷不醒。这时，毛利带着众人赶到，小兰也知道了柯南的真实身份。琴酒感到大势已去，引爆了事先放置好的炸弹，要炸毁黑衣组织总部。小兰欲为柯南抢回解药，在火海中与琴酒展开搏斗。最后打败琴酒得到解药，却在脱出时被爆风掀飞。
最后真相大白，琴酒的母亲是一位美国记者，而父亲就是死去的天皇。他的目的是控制黑衣组织最后毁掉日本。而茱蒂的真实身份是FBI安排在黑衣组织内的的调查员。
兰和哀受伤昏迷被送到医院抢救。哀很快苏醒，而柯南拿着仅有的一枚解药要哀服下，可却惊奇的发现哀已经失去了记忆，心智降到了10岁的水平…同时，小兰因为受伤严重，一直昏迷不醒，医生说可能会变成植物人。服部劝柯南服下解药变回新一，这样有可能唤醒小兰。柯南反复考虑，最终服下了解药。而在变回新一的过程中，被步美发现，步美告诉了光彦和园太，三人约定永远保守这个秘密。
新一成功的唤醒了小兰，小兰醒来后感到很多事情令她无法接受，正好新一的父母从美国赶来，想让新一和小兰去美国读书。最后在机场，大家欢送新一和小兰去美国开始新的生活。众人望着腾空而起的飞机，却没有人发现，哀看着曾经和大家的合影，偷偷垂泪……
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