南丰县财政局内设机构职责明确，各股室分工精细，共同维护财政秩序。以下是各部门的主要职能：
- 人秘会计股（二楼）：负责机关人事、财务、统计等事务，包括人事劳资、综合材料、财政调研等，还管理会计档案、会计职称考试及会计证年检。
- 预算国库股（三楼）：承担年度预算编制、税收入库协调及国库资金调配工作，执行上级指示并处理其他交办事项。
- 文教行政财务股（三楼）：负责行政机关、政法及文体事业单位的财政经费管理，包括工资统发、资金安排与监督等。
- 社会保障股（二楼）：管理卫生、民政部门事业经费，保险基金、城市最低生活保障等，并监管企业养老保险和城市低保资金。
- 农财外经股（三楼）：负责农林、水利等部门的财政支出管理，世行贷款等专项资金管理和农业综合开发项目。
- 经济建设股（二楼）：负责国有企业、商业等企业的财务管理，以及粮食补贴和基建资金的监督。
- 综合财检股（三楼）：负责预算外资金收支、行政事业收费管理、国有土地资金和非税收入的管理。
- 乡财管理局（二楼）：负责耕地占用税、乡镇契税的征管，乡镇资金审核拨付，乡镇会计核算监督。
- 国有资产管理股（三楼）：负责国有资产登记、处置、评估等，对行政事业单位转营实施监督。
- 信息中心（三楼）：负责财政系统微机管理和财政信息的传递，与上级部门沟通并组织视频会议。
- 契税所（集中办事大厅）：专注于南丰县契税的征收管理工作。
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