皮卡丘
小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。除了小智一行人的神奇宝贝外，最要好的朋友就是一对皮丘。最初在EP001中出现。
•比比鸟 → 比雕
在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群。
•绿毛虫 → 铁甲蛹 → 巴大蝴
在EP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。
•妙蛙种子
小智在EP010中得到的神奇宝贝，在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在EP226中，妙蛙种子回到了真新镇。随后妙蛙种子成为了真新镇周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。
•小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙
小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP011中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了从化石神奇宝贝中救出小智，火恐龙进化成了喷火龙与化石翼龙战斗。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在一次被冰冻后，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷。在城都联盟白银大会与对战工厂的比赛中，喷火龙都发挥了重要作用。
杰尼龟
它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。杰尼龟之前，杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦；后来回到了君莎带领的杰尼龟消防队。
•大钳蟹 → 巨钳蟹
小智在EP013收服的第七只神奇宝贝，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在EP076中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹。
•鬼斯通
EP023中，小智为了再次挑战金黄道馆，来到了紫苑镇的神奇宝贝塔，在和小智玩耍一会儿后，它同意与娜姿的勇吉拉战斗。但EP024回到金黄道馆后鬼斯通却不见了。小智只好拿出皮卡丘应战，在对战中，鬼斯通跑来戏弄勇吉拉与娜姿，并把他们弄得哈哈大笑，小智也因此赢得了比赛。最终小智决定将它留在金黄道馆与娜姿生活在一起。
•火爆猴
EP025，小智遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。
•臭臭泥
在EP030之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。
•肯泰罗(30只)
在EP035中野生原野区收服的神奇宝贝，喜欢快速奔跑。参加过橘子联盟、城都联盟与对战开拓区的比赛。
•乘龙
EP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。EP114中，小智将它送回了家人身边。在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙。
•卡比兽
小智在EP095中收服的大胃王，在橘子联盟决赛之前，小智将它留在了大木研究所。后来它参加过神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过挑战对战开拓区的比赛。
•赫拉克罗斯
小智在EP120收服的神奇宝贝，喜欢吸食树枝，多次参加道馆赛和联盟比赛。
•菊草叶 → 月桂叶
在EP127小智收服的神奇宝贝，它喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇表神奇宝贝球以外。在EP201中逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
•火球鼠
在EP142中与另一名训练家比赛后，小智收服的火球鼠。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。
•小锯鳄
在EP152中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。
•猫头夜鹰 － 在EP155中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是一只闪光神奇宝贝。
•大针锋 － EP162中，小智参加了自然公园捕虫大会收服的神奇宝贝，捕虫大会结束后，小智将它送给了奈奈。
•金鱼王 － 在EP169小智参加金鱼王钓鱼战斗中临时拥有。
• 小小象 → 顿甲 － 在EP229的神奇宝贝劲速赛获得优胜后，小智得到了小小象的蛋，它十分喜欢玩耍。前往芳缘地方时，小智将它留在了大木博士的研究所。在对战开拓区的旅行中，小小象又回到了小智的队伍。AG153中为了从火箭队手里救出皮卡丘进化成为顿甲，并成为打败对战设施的重要力量。
• 由基拉 － 原来是盗猎者偷走的神奇宝贝蛋，小智在EP259中得到了这颗神奇宝贝蛋，孵化成由基拉后，它十分惧怕人类。小智受到空木博士的委托，在EP265把它带回了白银山，最终也使它消除了对人类的畏惧。
• 傲骨燕 → 大王燕 － 原先是傲骨燕群的首领，AG004中偷走小智一行人的食物并与小智战斗，最终被小智收服。在AG080的神奇圆环比赛中进化成大王燕并取得优胜。
• 木守宫 → 森林蜥蜴 → 蜥蜴王 － 原先是巨大树上生活的一群木守宫之一，AG007中小智与它一同保护巨大树并与它战斗，后来将它收服。它有些叛逆，且总是嘴里叼着一个树枝。在AG066与吼爆弹的战斗中它进化成为森林蜥蜴。进化后它喜欢独自静静地坐在一个地方。AG160中保护喜爱的大菊花时进化成为蜥蜴王，而后丧失了一切技能。在恢复后，蜥蜴王变得十分强大。
•龙虾小兵 － AG032中以海边的捣蛋鬼登场，在小智发现并与之战斗后收服了它。龙虾小兵很有个性，并有一点嫉妒之心。
• 煤炭龟 － 在AG058中，煤炭龟被一群钢系神奇宝贝袭击，小智指导他打败了钢系神奇宝贝。煤炭龟无论是高兴还是悲伤总喜欢大哭。在AG132中小智将它留在了大木博士的研究所。
• 雪童子 → 冰鬼护 － 在AG108中，伊扎贝岛的一只雪童子偷走了小智的徽章盒，在暴风雪中小智拼命保护雪童子，后来加入了小智的队伍。小智不断训练它急冻光线，在AG122的一次训练成功后，它进化成为冰鬼护。在AG132中，小智将它留在了大木博士的研究所休息。
• 长尾怪手 － 在AG178中偷走了小智的帽子与小遥的缎带纪念勋章盒，后来上演了多次恶作剧。在AG181中被小智收服。在AG191中，它决定跟随小智去神奥地方。在DP055中，由于喜欢华丽大赛而和喜欢神奇宝贝对战的叉尾浮鼬进行交换，给了小光。
• 胖胖翁 —大胖胖翁－ 在DP002中首度出现，在寻找皮卡丘的时候，长尾怪手意外伤害了一只胖胖翁，因此愤怒的胖胖翁袭击了长尾怪手。被小智收服后，它也加入了寻找皮卡丘的行列。
• 树苗龟--树林龟-在DP005中首度出现,一开始皮卡丘就被火箭队给抓走了，小智在追赶途中不慎出现意外.而一只树苗龟救了皮卡丘. 另一面,小智被雪野救了,从她口中知道了树苗龟的事情,觉得这只树苗龟可爱与实力并存,皮卡丘回来的时候,小智在雪野的提议下收服了树苗龟.
·小火猴-原本是真嗣的神奇宝贝。在DP050中,小智和真嗣建立起搭档关系分别使用皮卡丘和小火猴参加双人合作赛大会。在DP051中，小智和真嗣晋级了半决赛，可是，小火猴的战斗状态却怎么也调整不好，面对这种状况，真嗣竟然将小火猴放生！见此状况，目睹了一切的小智说着『一起旅行变强吧』，将小火猴收服了。在DP052的总决赛，小智用小火猴参赛并获胜，得到安逸铃铛。
·叉尾浮鼬-叉尾浮鼬 － 在DP034中，小智一行人去河边钓鱼，碰到专门通过战斗抢走钓竿的叉尾浮鼬，后被小光收服。在DP055中，由于喜欢小精灵对战而和喜欢华丽大赛的长尾怪手进行交换，给了小智。
·天蝎--巨钳天蝎
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