最大的区别在于两者的政治经济实体不一样，虽然两者都是质量监管方。
工程质量监督站是市场经济中的企业实体，属于工程监理方之一；质量技术监督局则是国家行政执法部门，属于政府机关/事业单位。
【工程质量监督站】
《建设工程质量管理条例》（中华人民共和国国务院令第279号）
第四十六条 建设工程质量监督管理，可以由建设行政主管部门或者其他有关部门委托的建设工程质量监督机构（解读：这里具体是指建设工程质量监督站）具体实施。
从事房屋建筑工程和市政基础设施工程质量监督的机构，必须按照国家有关规定经国务院建设行政主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府建设行政主管部门考核；从事专业建设工程质量监督的机构，必须按照国家有关规定经国务院有关部门或者省、自治区、直辖市人民政府有关部门考核。经考核合格后，方可实施质量监督。（解读：根据《行政处罚法》第十八条 行政机关依照法律、法规或者规章的规定，可以在其法定权限内委托符合本法第十九条规定条件的组织实施行政处罚。据此，行政机关可以将行政权委托给建设工程质量监督站，由后者具体行使权力）
《房屋建筑和市政基础设施工程质量监督管理规定》（住建部令第5号）
第五条 工程质量监督管理应当包括下列内容：
（一）执行法律法规和工程建设强制性标准的情况；
（二）抽查涉及工程主体结构安全和主要使用功能的工程实体质量；
（三）抽查工程质量责任主体和质量检测等单位的工程质量行为；
（四）抽查主要建筑材料、建筑构配件的质量；
（五）对工程竣工验收进行监督；
（六）组织或者参与工程质量事故的调查处理；
（七）定期对本地区工程质量状况进行统计分析；
（八）依法对违法违规行为实施处罚。
有人再问你工程质量监督站是干什么的？
概言之，就是受政府委托，依法对建设、勘察、设计、施工、监理、检测等参与建设各方责任主体的质量行为(是否依法干活，活干得怎么样），以及工程实体（产品质量好不好，是否符合设计要求）进行巡查、抽查。
【质量技术监督局】
一、职能
质量技术监督综合管理，质量技术监督行政执法。
二、职责
（一）贯彻执行国家、省有关质量技术监督工作的方针政策和法律法规。
（二）管理质量监督工作；负责食品生产领域的卫生监管；负责市打假工作协调小组办公室日常工作。
（三）宏观管理和指导全市质量工作；依法管理工业产品生产许可证工作。
（四）负责管理标准化工作；受省局委托管理全市组织机构代码和商品条码工作。
（五）统一管理计量工作；对企业计量检测保证能力进行考核；规范和监督商品量的计量行为。
（六）统一管理和监督认证认可工作；依法对质量检验（含机动车辆检测）机构进行监督管理；协助省局对质量技术监督相关的社会中介组织实施资格认可和监督管理。
（七）负责特种设备的安全监察和综合管理工作。
例如，组织机构代码证就是他们全权管理的
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