丽江古城始建于宋末元初（13世纪后期），由丽江木氏先祖将统治中心由白沙古镇迁至现狮子山 ，开始营造房屋城池，称“大叶场”。古城名称来源据说是因为丽江世袭统治者姓木，筑城势必如木字加框而成“困”字之故。丽江古城的纳西名称叫“巩本知”，“巩本”为仓廪，“知”即集市，丽江古城曾是仓廪集散之地。
南宋宝佑元年（1253年），蒙古军南征，木氏先祖阿宗阿良迎降，阿宗阿良归附元世祖忽必烈，驻军于此。
元至元十三年（1276年），茶罕章管民官改为丽江路军民总管府。
元至元十四年（1277年），三跋管民官改为通安州，州治在今大研古城。同年，改丽江路通安州。
明洪武十五年（1382年），通安州知州阿甲阿得归顺明朝，设丽江军民府，阿甲阿得被朱元璋皇帝赐姓木并被封为世袭知府。
明洪武十六年（1383年），木得在狮子山麓兴建“丽江军民府衙署”。曾遍游云南的明代地理学家徐霞客，在《滇游日记》中描述当时丽江城“民房群落，瓦屋栉比”，明末古城居民达千余户，城镇营建已颇具规模。
清雍正二年（1724年），第一任丽江流官知府杨铋到任后，在古城东北面的金虹山下新建流官知府衙门、兵营、教授署、训导署等，并环绕这些官府建筑群修筑城墙。
2002年12月26日，国务院正式批准丽江撤地设市，丽江古城的行政区划归丽江市古城区。
2012年6月24日至7月6日，联合国教科文组织下属的世界遗产委员会在俄罗斯圣彼得堡举行的第36届世界遗产大会上通过了丽江古城微小边界调整和缓冲区的提议，将丽江古城面积3.8平方公里调整到7.279平方公里。
丽江古城内的街道依山傍水修建，以红色角砾岩铺就，有四方街、木府、五凤楼等景点。丽江为第二批被批准的中国历史文化名城之一，是中国以整座古城申报世界文化遗产获得成功的两座古城之一。
丽江古城有着多彩的地方民族习俗和娱乐活动，纳西古乐、东巴仪式、占卜文化、古镇酒吧以及纳西族火把节等，别具一格。丽江古城体现了中国古代城市建设的成就，是中国民居中具有鲜明特色和风格的类型之一。
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