员工购买商业保险取得增值税发票能否抵扣要根据保险的险种与用途确定。员工购买商业保险取得增值税发票能否抵扣情形如下：
第一，企业职工因公出差乘坐交通工具发生的人身意外保险费支出，属于购进旅客运输服务，不可以抵扣增值税。
第二，公司缴纳的雇主责任保险是一种财产保险，雇主责任险保障的是雇主，即企业。因此，取得专票，可以抵扣进项税额。
第三，公司为全体员工购买的人身意外伤害险，应属于集体福利，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
第四，为特殊工种职工支付的人身安全保险费不属于职工福利费性质，取得相关增值税专用发票等抵扣凭证，可以按规定抵扣进项税额。
员工购买商业保险个人所得税扣除情形如下：
第一，国家税务总局公告2016年第80号《国家税务总局关于企业所得税有关问题的公告》第一条规定：关于企业差旅费中人身意外保险费支出税前扣除问题企业职工因公出差乘坐交通工具发生的人身意外保险费支出，准予企业在计算应纳税所得额时扣除。
第二，《中华人们共和国企业所得税法实施条例》第四十六条规定，企业参加财产保险，按照规定缴纳的保险费，准予扣除。
第三，《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定，除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。
扩展资料：
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
第一，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。
第二，非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
第三，非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务和交通运输服务。
第四，非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
第五，非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
第六，购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。
第七，财政部和国家税务总局规定的其他情形。
参考资料来源：
具体还要看看保险的险种与用途。
企业自有车辆缴纳的车辆保险，取得专票可以抵扣增值税。
企业职工因公出差乘坐交通工具发生的人身意外保险费支出，属于购进旅客运输服务，不可以抵扣增值税。
公司缴纳的雇主责任保险是一种财产保险，雇主责任险保障的是雇主，即企业。因此，取得专票，可以抵扣进项税额。
公司为全体员工购买的人身意外伤害险，应属于集体福利，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
为特殊工种职工支付的人身安全保险费不属于职工福利费性质，取得相关增值税专用发票等抵扣凭证，可以按规定抵扣进项税额。