农村剩余劳动力的转移，无论是对流出地农村还是对流入地城市，都不可避免地带来了一些社会问题，主要表现在：一是大量有知识、有技能的青壮年劳动力流出农村，导致留守农耕的劳动力和种田质量下降，有的地方甚至出现抛荒弃耕现象。
二是由于农村年轻人外出，农村老年人口比例明显上升，加快了农村人口的老龄化，也使农村部分地区出现了劳动力短缺的问题。同时使得流出地农村常住人口文化程度明显下降。
三是加重了城市就业和管理的负担。大量农村人口涌入城市，使得本来就不够宽敞的城市显得更加拥堵，城市人口就业压力加大，交通负担加重，城市的管理成本大大加大。
四是给人口管理增加了难度。农村人口长期在外，村干部对计划生育管理鞭长莫及，流动人口超生现象严重，且“超生儿”随父母四处游荡，不打疫苗，不接受教育，致使农村儿童的健康状况、文化素质等情况令人担忧。
五是给社会治安带来许多问题。农民工形成一种特殊的“自由人群”。同时，由于农民工的生产经营活动经常得不到公正对待，合法权益常常受到侵犯，又找不到正常的利益表达方式，找不到解决纠纷的合法途径，再加上法律意识不强，受城市物质利益诱惑，贪图享受，铤而走险等原因，致使农民工容易走上犯罪道路。 从以上这些问题之中，可以透视到我们现行机制体制中存在的深层障碍。
障碍一：城乡结构矛盾明显，妨碍了农村剩余劳动力转移的速度和规模。我国城市化进程明显滞后于工业化进程，不利于服务业的发展，而农村劳动力转移恰恰最容易进入城市服务业；城乡二元户籍制度及由此衍生的城乡居民身份差异给农村劳动力的自由迁移增加了成本和风险，影响了人力资源的合理配置；城乡教育体制的差异对农村劳动力的转移形成了阻碍；农地制度对农村劳动力转移的制约；随着城市失业数量的增加，农村劳动力与城市劳动者在就业市场中的竞争愈加激烈，过高的城市失业率会加大农村劳动力在城市寻找工作的机会成本。
障碍二：农民工的工资待遇和权益维护与其实现稳定就业的需求之间存在较大差距。
障碍三：劳动力市场的不健全造成了农村劳动力的无序盲目流动，组织化程度有待提高。鱼目混珠的劳动力市场，没有规范的招工程序，没有准确的招工信息，没有善后的“输出”服务，农村劳动力像一只无头苍蝇一样闯入了茫茫城市中，其后果可想而知。较低的组织化程度给农村劳动力转移就业带来了不确定性和不稳定性，对农村劳动力转移就业后的保障、维权工作带来了难度，也难以形成规模化、正规化的经济。
障碍四：农村劳动力文化程度和就业技能水平较低，就业竞争能力较弱，就业压力和“招工难”的现象并存。 根据目前我国农村剩余劳动力转移的现状及转移中存在的问题，要着力做好以下几方面的工作：
首先是发挥政府的主导作用，深化体制改革，健全各项制度，为农村剩余劳动力转移创造宽松环境。各级政府要充分利用农村市场信息体系，拓展服务领域，做好信息服务工作；为了鼓励分工分业农民顺利转产，政府应设立财政专项资金，对在培训期的农民给予一定的生活津贴，对于分工分业后的农民创办新企业，提供贷款补助等，在这方面，经济发达地区已有一些实践，要及时进行总结推广；鼓励多部门、多渠道、多形式为农民工提供法律服务；完善失业保险制度。进城农村劳动力的失业要逐渐纳入政府失业保险系列，实行城乡统筹，促进城乡社会稳定。
其次是建立统一的城乡一体化劳动力市场体系。要把计划经济体制下形成的，至今还在起着束缚农村劳动力转移的诸如人口、土地、就业、社会保障等体制，按照社会主义市场经济体制的要求，加以改革和完善。在这方面，2004年党中央国务院一号文件《关于促进农民增加收入若干政策的意见》中就已经明确，但真正落实到位还需要一个长期的过程。要改变这种现状，当务之急是要改革户籍制度，消除城乡二元对立造成的隔阂。户籍制度改革势在必行。只有改革了户籍制度，农民才可能从土地的束缚中解放出来。当然在实际操作中，可能又会出现一些新问题，如大量农村和小城镇居民迁往大城市，造成了大城市的过分拥堵和房价的快速上涨；大量农民工子女涌入城市，造成城市教育资源紧张；大城市的积聚效应可能会形成“穷者越穷，富者越富”的“马太效应”。这个问题说明，体制的改革触一发而动全身，在进行户籍制度改革的同时，还需要进行相应的教育体制、社会保障体制等方面的改革，必须统筹兼顾，综合发展。只有实现了城乡劳动力资源的一体化管理，才能降低劳动力的流转成本，克服自发性、盲目性，实现农村劳动力的有序流动。
再次是推进城镇化建设吸纳农村剩余劳动力。据测算，到21世纪中叶实现城镇化之时，我国城镇人口将净增加7-8亿。其中不足20%来自于城镇人口的自然增长，80%以上将来自于农村人口进城。由于各地区进城人口与城镇化的其他要素配置的不均衡，在市场规律的作用下，农村人口就近进城与跨地域异地进城并存就成为必然。改革开放以来，由于东部地区城镇的快速发展，以劳务输出为主要形式的中西部地区农村人口跨地域进入东部地区城镇，曾经引起各界的广泛关注，未来10-20年内估计这种异地城镇化进程仍将成为一道风景线。
最后是开辟多渠道的转移路径。将城市公共基础设施建设向农村延伸；培育新型农民，促进农业产业结构调整；调整乡镇企业结构，增强乡镇企业对农村劳动力的吸纳能力。进一步扩大国际劳务输出，用农村人力资源换国外土地、能源等资源。鼓励农民工返乡创业。
