在全国各地政府投资工程的管理实践过程中，伴随着投资主体的多元化、项目实施方式新要求等，其管理模式发生着深刻的变化。总体来看，目前我国政府投资项目管理模式主要有以下几种：
第一，项目法人型模式。适用于各种国有经济主体投资的经营工程项目，项目法人为依法设立的独立性机构，对项目实行全过程负责。
第二，工程指挥部型模式。一般是临时从政府有关部门抽调人员组成，负责人通常为政府部门的主管领导，工程项目完成后，该工程项目的指挥部即告解散。
第三，基建组型模式。采用此模式的大都为各个行政部门(如教育、文化、卫生)以及一些工程项目较多的单位，一般由本部门的基建处进行直接具体的组织领导工作，而工程指挥部主要是进行常规的行政管理工作。
第四，专业机构型模式。由一个专门机构负责某一类或几类政府投资项目的实施管理工作。其特点是管理单位长期专职管理某些类别的政府投资项目，具有一定的专业性。
第五，城投公司型模式。作为政府连接建设市场的载体，城投公司的建立是为了更有效的盘活城市资产，解决城市经营的资金融通问题，使之产生应有的经济效益。 第一，合理界定政府投资项目范围。政府投资项目的界定是政府投资项目管理上的一个根本性问题。如果不对这一问题有一个清晰的认识，则有关控制政府项目的投资，提高其效率的建议和对策就会陷入尴尬局面。
第二，明确政府投资项目的性质与类型。政府投资项目性质和类型的清晰区分，可以真正促使政企分开，使政府和企业各尽所能、各司其职，有利于提高效率和管理水平，有利于建立资金运用机制和拓展资金筹集渠道。
第三，完善政府投资项目监督体系，明确政府各部门在政府投资项目管理中应该担负的主要职责，避免出现职责的交叉和权力的真空，以保证政府投资项目从决策到实施的高效率。在我国，尤其要加强计划、财政、市场、审计和监察等部门的宏观监管和协调。
第四，政府投资项目管理要逐步实现专业化。我国政府投资项目的成败与项目管理单位和人员的能力和水平密切相关。委托专业项目管理机构、专业人士来进行项目建设管理，发挥专业机构和技术人员的技术、管理优势与经验避免造成人、财、物和信息、等社会资源的浪费，政府同时需履行好监督职能。
第五，完善相关法律法规。无论采用怎样的管理模式，都必须有配套的法律、法规对工程管理进行规范。应尽快出台有关政府投资工程项目管理法律。合理划分投资、建殴、管理、使用各方的职责和权力，并形成权力的制衡。
第六，建设项目的后评价机制，可以在项目建成后经过一段时期的运营和使用后，对项目的立项决策、规划设计、工程实施、运营或使用，以及项目的经济和社会效益作出合理评价。完善的后评价可以对项目前期评价工作进行补充和完善，对项目的工作进行监督和改进，对项目管理进行反馈。
