付出了沉重的资源环境代价，保障粮食等重要农产品的供给与资源环境承载能力的矛盾日益尖锐。
耕地质量下降。占补平衡虚假现象严重。在以往较长的一段时间内，耕地占多补少、占优补劣、占近补远、占水田补旱地的现象普遍存在，由此导致的耕地质量下降问题大都难以改变。水土流失严重。20世纪90年代，我国水土流失面积就已占国土面积的15.6%，之后，这一现象持续加重。尤其是东北地区黑土地流失更加突出。水利部松辽水利委员会的统计数据显示，目前东北平原耕地黑土层已由开垦初期的80～100cm下降到20～30cm，每年流失的土层厚度为1cm左右，而形成这一厚度的黑土层大约需要300～400年时间，流失速度数倍于成土速度。土壤培肥不力。长期有机肥投入不足，深耕深松作业面积少，土地耕层变浅，耕性变差，蓄水保墒能力低。
水资源短缺程度加重。随着我国工业化的发展和城镇化的推进，我国用水结构发生了明显变化，用水总量显著增加。全国总用水量自2010年起突破6000亿m3大关，之后总体稳定在6000亿～6200亿m3区间。这一水平比1980年增加1600亿m3，增长37%以上。用水结构的变化和用水总量的增加，加剧了我国水资源的短缺程度，对资源环境带来了不可低估的危害。严重挤占河湖湿地的生态环境用水，导致许多地区出现河流断流、干涸，湖泊、湿地萎缩，入海水量减少，河口淤积萎缩，土地沙化等一系列与水有关的生态环境问题；地下水严重超采，造成了全国地下水大量累计亏空，由此引发的地下水降落漏斗问题日益突出，并伴生了严重的地面沉降问题。到2010年前后，我国因地下水超采，已导致全国超过9万km2的面积不同程度地面沉降，最大沉降量3040mm。从中长期看，未来经过有效治理，我国水资源污染问题有望得到较好解决；但是随着全社会用水总量的增加，未来农业用水与非农业用水之间的矛盾、农业发展与生态文明建设之间的矛盾将更加突出。水土污染问题突出。耕地污染严重。目前我国粮食每667m2平均施肥量比发达国家高出40%以上，农药每667m2平均施用量比发达国家高出一倍[11]，而且化肥、农药的利用率不足1/3。化肥农药的过量使用，导致大量耕地受到污染。我国尚有受重金属污染的土壤面积达2000万hm2，占耕地总面积的1/6，每年因重金属污染的粮食高达1200万t。地表水污染严重。20世纪80年代末，我国大江大河水质尚处于总体良好状态，仅是流经城市的河段污染严重。之后，由于水资源的保护不力，全国主要河流污染日益加重。到2007年、2008年最为严重的时期，全国七大水系水质总体处于中度污染状态，重点湖泊水质V类和劣V类的占比分别达到17%和39%以上。近几年来，在国家重拳治理之下，全国地表水优质水质断面占比不断提升，但2017年对全国24.5万km的河流水质评价显示，河流水质IV以上的水质河长仍占21.5%，其中劣V类水质占8.3%；对123个湖泊共3.3万km2的水面水质评价显示，IV-V类湖泊占54.5%，劣V类湖泊占比为19.5%。地下水污染问题严重。20世纪90年代初期，我国主要城市地下水质尚处于较好阶段，但随着地表水污染的加重，地市地下水开始由点状污染向面状污染扩展。近几年通过治理，地下水质量有所提升，但总体状况仍然不容乐观。据2017年2145个测站监测地下水质量综合评价结果显示：水质评价结果总体较差。其中，水质优良、水质良好、水质较好、水质较差、水质极差的测站占比分别为0.9%、23.5%、0%、60.9%、14.6%。
我国粮食生产和供需区域格局明显失衡。20世纪80年代以来，在宏观政策和市场因素的综合作用下，我国粮食生产的区域格局由微渐著的发生了历史性、全局性的变化。南、北方地区生产格局的变化。改革开放初期，南方地区粮食的全国占比约为60%，北方地区约为40%。20世纪80年代以后，南高北低的生产格局渐渐开始发生变化，到2005年，北
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