被搁置了，主要是转移当时国内矛盾，印尼华人占据当时印尼财富的60%以上。
1999年中国海军南下增兵泰国的攀牙，名义是接受泰国邀请，实际是武力威慑印尼海军。美国驻扎在波斯湾舰队，原在印尼有海军基地。克林顿上台以后，为了拉拢中国进入“北约”，关闭了印尼军事基地。至使原波斯湾美国海军第7舰队，只能停泊于印度洋。而对于98年的印尼事件，美国不愿意直接干涉，于1999年断然拒绝了印尼请求，没有派驻海军在安达曼海域。
2000年－2003年，中国动辄联合印度军事演习。部署在泰国的战机，频临印尼。
2001年，中国以渔船被截击为理由，打搞“打击海盗行动”将1艘“不明国籍”的武装护卫艇级军舰击沉。但是，中国在这里当时部署了，数艘“宋II”级潜艇，以及最新的服役的su27sm，这些都是在00年以泰中联合演习进驻攀牙基地的。
印尼迫于强大的军事威慑，不得已于2003年处理了多名参与98事件的高级将领，并且秘密签署所谓“中印两国谅解备忘录”。并根据协议中规定，在印尼本土对军队、内卫警察部队参与98事件人员，进行秘密抓捕。根据新加坡、马来报道，03年1年内多达231名军官被捕，4名将军因此被搁置。其余由于随后的“商人事件”被搁置。新加坡、马来因为处在中国强大武力压迫下，只能报道中国渔船被截击事件，任何其国内报道都没有提及“中国南海打击海盗事件”。