帝国主义划分势力范围，外国传教士在各地胡作非为，引起了人民大众的激烈反抗。戊戌变法刚刚被镇压，农民和城市下层人民掀起了大规模的反侵略斗争。19世纪末，爆发了义和团运动。
义和团本名义和拳，原是起于山东的烧香拜神、操练拳棒的反清秘密组织。为反对外国侵略，义和拳举起“扶清灭洋”的旗号，改称义和团，并得到地方官吏的某些支持，声势日益浩大。清政府在帝国主义的要求下，撤换了镇压不力的山东地方官，派袁世凯为山东巡抚，屠杀和逮捕义和团。义和团遂向北发展，活动于直隶各地，焚烧教堂，拆毁铁路、电线。又渗入天津和北京。光绪二十六年(1900)春夏之交，天津和北京街头上，义和团成群结队，头裹红巾，手执刀矛，公开活动。大街小巷，到处是拳厂和坛场。其他各省也纷纷响应，东北、山西、内蒙占、河南、四川、云南，都有大小规模不等的义和团。以慈禧太后为首的顽固派，因百日维新后在废立光绪问题上与列强存在矛盾，所以承认义和团合法，并采取控制、利用的策略，企图以义和团的刀矛发泄自己的怨忿。
义和团的主要成分是农民、手工业工人，城市居民，尤多青少年，也有妇女参加。它没有统一的组织和领袖，在思想上盲目排外，组织和斗争形式原始落后。他们提出“扶清灭洋”的口号，顺应了民族矛盾尖锐化的形势，但也模糊了对清朝统治者的认识。
当义和团进入北京、天津，帝国主义立即调动军队，进行干涉。英国将军西摩尔率领两千侵略军，从天津租界出发，向北京进攻。但沿路遭到义和团的阻击，被迫退回。接着，英、俄、日、法、德、美、意、奥八国组成联军，强行攻占大沽炮台，正式挑起大规模入侵中国的战争。慈禧太后等出于对洋人不满，遂决定宣战。南方各省督抚抵制宣战，提出东南互保，与帝国主义勾结，维持现存秩序，镇压人民的反侵略斗争，保护帝国主义、封建主义的利益。
面对帝国主义军队的进攻，义和团和清朝爱国官兵进行了英勇抵抗。天津城郊的战斗持续了一个多月，手持刀矛的义和团群众遭屠杀，聂士成等清朝的将领、士兵浴血奋战，以身殉国。八国联军占领天津后，纠集两万兵力，向北京进攻。清朝调集一些勤王军阻截，但抵敌不住侵略联军的凶猛攻势。光绪二十六年七月，八国联军占领北京，慈禧太后带着光绪帝仓皇逃走，前往西安。侵略军分兵四出，占领山海关、张家口、保定、井陉等战略要地，并在京津地区屠杀抢劫。民居商铺被焚烧，户部存银洗劫一空，颐和园的文物、书画、古器被捆载而去，北京城遭到外国侵略军的又一次蹂躏和践踏。
沙俄除了参加八国联军外，竟出动了十多万军队入侵中国东北，烧杀抢掠，占领主要城市，企图并吞东北全境。还制造了惨绝人寰的大屠杀，烧死、杀死在江东六十四屯的中国居民三万人并将居住在海兰泡的七千多中国侨民驱赶入黑龙江，活活淹死。
慈禧太后利用义和团“灭洋”，是为了发泄私愤。但她对义和团始终心存戒惧，在逃跑的路上就急忙发布“剿匪”上谕，命令清军掉转枪口，对准义和团。又催促李鸿章北上，与帝国主义议和乞降。李鸿章和帝国主义签订了《辛丑条约》，主要内容有：赔款四亿五千万两，拆除大沽至北京间的中国炮台，允许各国在北京附近驻兵，设置东交民巷使馆区，禁止中国人民成立或参加任何反帝组织，惩办首祸诸臣。《辛丑条约》使中国下降为列强共管的半殖民地。