普罗米修斯2的故事发生在前作事件的几年后。伊丽莎白·肖博士一直在试图解开宇宙和人类起源的秘密。她找到了更多的关于神秘外星种族“工程师”的线索，但这些线索也引来了未知的危险。一种全新的生物被发现，它们的存在对整个宇宙构成了威胁。肖博士必须再次冒险，深入未知的宇宙，寻找解除这种威胁的方法。
在这个过程中，她重新与被认为已经死亡的大卫相遇。大卫已经发生了某种变化，他具有更强的能力和智慧，但也在某种程度上失去了人性。肖博士和大卫一起，在充满未知和危险的宇宙中展开了一场冒险。
通过他们的努力，他们找到了与全新生物对抗的方法，但也付出了巨大的代价。故事最后，肖博士和大卫对人类的起源有了更多的了解，但他们也明白，有些秘密最好还是保持未知。
普罗米修斯2的剧情在继承前作的基础上，更加深入地探讨了人类的起源、宇宙的秘密以及生命的意义。通过与全新生物的对抗，故事也展现了人类面对未知时的勇气和智慧。