在我国实际部门中有过货币发行收入应该归财政部门掌握使用还是应该归中央银行掌握使用的争论。其实，无论中央银行还是财政部都是政府宏观调控的两大职能部门，既然确定了货币发行收入的性质，无论发行收入归哪一个部门使用，都不会改变它是货币信用化制度下的政府首要收入来源的性质。究竟归中央银行还是财政部使用，则应取决于政府宏观调控的需要。
中国改革开放后到1998年，在宏观经济层面上面临的主要压力一直是通货膨胀，这使得货币政策成为宏观调控的主要手段。中央银行集中掌握着货币发行权、贷款规模分配权、中央银行贷款权和基准利率等货币政策工具。在资金来源上，中央银行拥有基础货币发行和商业银行缴纳的存款准备金。这期间，在政府资金来源（即货币发行收入）的使用上，中央银行与财政的关系也发生了变化。在1995年以前，财政部门一直延续计划经济的作法，通过向中央银行透支和借款弥补财政赤字，截至1993年底，中央财政向人民银行的借款达到1688.7亿元，占中央银行当年资产的13%，中央财政与人民银行通过直接借贷的方式共同占有使用发行收入。从1994年开始到1995年，随着存款准备金率下调中央银行直接掌握的资金来源减少，人民银行逐渐停止了向财政提供借款和透支，同时不直接购买、包销政府债券。从形式上看，货币发行收入由中央财政与人民银行共同使用，转向由中央银行一家拥有。但实际上，《中国人民银行法》还规定，中央银行可以在国债市场上进行公开业务操作，以保证国债的流动性。这意味着，中央财政与人民银行之间的资金联系由计划经济条件下的直接方式转向市场经济条件下的间接方式。
从那时开始，尤其是在1998年之后，在经济运行的主要矛盾由通货膨胀转为通货紧缩，积极的财政政策与国债政策成为扩大内需的主要宏观调控手段的背景下，我国国债市场和国债规模迅速发展。1998年当年增发建设国债1000亿元，到2002年共发行建设国债6600亿元，国债发行总规模也从1997年的2476亿元迅速增加到2002年的5934亿元。与此同时，中央银行公开市场业务的发展突飞猛进。1998年央行公开市场业务累计交易量为2827亿元，2001年达到16781亿元，增长了4.9倍。1999年，通过公开市场业务投放的基础货币占当年新增基础货币的52%。人民银行的货币发行与中央财政收入通过公开市场业务建立起了间接的资金通道。
可见，无论实践中有何争论，货币发行收入一直是由中央财政和人民银行共享的资金来源，它在两个政府部门之间的分配比例及实现方式则取决于经济管理体制和宏观调控模式。
