未发酵粪便，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
有机肥发酵原理
腐熟的猪粪有机肥一般需要两个阶段，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟。
第二阶段：温度初见降低，氧气吸收率降低，臭味完全消失。相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，嗜温微生物菌落重新建立，从而有助于有机肥腐熟、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收，产生高温，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需保持良好的曝气和水分控制。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至有源生物动物和动物参与。高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物被抑制，嗜热主导。可溶解的有机物继续被氧化分解，复杂的有机物（纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素）也开始被分解。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。最佳腐熟温度为55℃，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死。降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖，占据优势，对残余难分解的有机物作进一步分解。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，温度下降，肥堆逐渐趋于稳定。
有机肥发酵方法
厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程。最终产物除腐殖质类有机物、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质。工艺简单、不需进行通风,但反应速率缓慢，堆肥化周期较长。
好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。
有机肥发酵工艺
静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。
动态条垛堆肥：通过人工或机械定期翻堆，来确保堆体好氧状态。
反应器堆肥：在一个容器或几个容器进行，能够有效的控制温度，水分，从而监控堆肥发酵程度。
家畜粪便主要指猪、马、牛、羊的粪便，由于种类和饲养方式不同，成分和性质变化很大。猪粪质地较细，含纤维素少，性质柔和，养分含量高，后劲长，具有良好的改土作用。牛粪质地细密，水分多，通气性差，养分浓度低，腐熟缓慢，发酵过程中释放热量少，对缺乏有机质的砂质土的改良效果好。马粪疏松多孔，纤维素含量高，水分少而易蒸发，含有较多的纤维素分解细菌，腐熟时产生热量多，除可直接作肥料外，还可用作高温堆肥的原料，对改良土壤也有明显效果。羊粪干燥而致密，养分含量高，堆积时发热与马粪相似，分解比较快，性猛，需与其它粪便混合使用，使其肥劲平缓。
2、家禽粪便性质如何
家禽粪便主要指鸡粪、鸭粪、鹅粪等排泄物。在各类家禽中，鸡和鸭以虫、鱼、谷、草等为食，因此鸡鸭粪中有机物和氮、磷的含量比家畜和鹅粪高。鹅是食草家禽，养分含量和比例与家畜接近，质量不如鸡鸭粪。鸡粪也是生产有机肥的绝佳原料。
禽粪中的氮素以尿酸态为主，作物不能直接吸收，其对当季作物的肥效，相当于氮素化肥的50%，但有明显的后效。施用新鲜禽粪常招来地下害虫，所以必须腐熟后施用。腐熟的家禽粪便是一种优质速效的有机肥，常常作为蔬菜或经济作物的基肥和追肥，不仅能提高产量，而且能改善农产品品质。
3、没有腐熟的粪便不能直接使用
没有经过腐熟的粪便直接施入土壤内，一是遇水发酵产生高温，容易烧根烧苗。二是微生物参与发酵而大量活动，消耗氧气，造成土壤缺氧，将会致使生长较弱的作物死亡。三是粪便在发酵时会产生臭味，招徕蝇蛆，危害作物生长，臭味还能污染环境。四是粪便中含有大量的尿酸，未经腐熟转化，直接接触种苗，将会抑制种苗生长。五是没有腐熟的粪便在土壤中发酵，争夺土壤原有的氮素养分，造成土壤微环境内瞬时缺氮，影响种苗生长。所以一定要施用充分腐熟的有机肥料，才能保证作物生长发育良好。
发酵腐熟鸡粪
简单堆制农家肥一般采用露天放置，在堆肥过程中，产生大量的氨、硫化氢、多胺、硫醇等致恶臭物质，影响环境质量。同时料堆吸引蚊蝇孳生，传染病害。露天简单堆制有机肥料，也会受到天气变化的影响。若遇降雨，过多的水分会导致料堆内的物质随水随处扩散，加剧环境污染的程度和范围。
首先粪便要经过充分腐熟发酵。发酵后再添加辅助物料，采用技术把无害化高温腐熟，充分腐熟能够达到充分的分解效果。分解腐熟之后有机质可以达到30倍到40倍，完全可以作为商品化有机肥生产的很好的原料。一般的有机物料不充分腐熟，直接利用，未腐熟到腐熟是一个放热的过程，里面病虫卵、杂草种子比较多，所以必须对有机物料进行充分的腐熟。腐熟之后，病虫卵、菌和杂草种子全部杀死。原来未腐熟的原料比较脏，比较臭，外观很难看。但经过腐熟之后10天半个月就会发生很明显的变化，比较松散，恶臭的味道几乎没有了，分解的情况也很好，能达到完全被二次利用。以前这种原料不能被很好的二次利用只能直接排放，国家是不允许直接排放的要进行处罚，而且也可能产生二次污染。充分腐熟，达到了循环经济利用的效果。