1、金银版出自1998年，所以怪物不太齐全。
水晶出自2001年，画质，怪物，剧情都略胜金银版，但在记忆般基础上减少三个怪物，皮卡丘
多了，比金银版容易捉多了，如果你是个“卡丘迷”建议使用水晶版。
2、主人公有所变化。金银的主人公是男的，水晶的主人公有一男一女。
3、主神兽有所区别。金的主神兽是凤凰，银的主神兽是露基亚，水晶的主神兽(画面是超梦)是
雪拉比。
4、精灵的话,有些精灵只在金版出现，有些只在银版出现，但在水晶通通都出现了。
1、《口袋妖怪》系列是一套由日本GAME FREAK代表田尻智于1995年开发、日本任天堂株式会社于1996年推出的一款Game Boy（任天堂所推出之掌上型游戏机）游戏。
2、口袋妖怪系列游戏以角色扮演（RPG）为主，辅以战略和动作游戏，在游戏中，玩家总是作为一位PM训练家到各地旅行，完成各种交付的任务，并沿途与PM训练家挑战，不断提升自己的战斗能力，打败八大会馆的首领和四大天王，最终与冠军战斗，取得最后的胜利。游戏最大的乐趣是收集、捕捉各种各样可爱的精灵，完成口袋妖怪图鉴。
3、由于许多精灵在游戏中只有1只，而且一旦捕捉失败就没有第二次的机会，每部作品最后一只精灵要通过特殊的方法才能得到。因此，精灵的捕捉成为游戏一大乐趣。
玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本。
水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
增加雪拉比的GS球（道具）剧情，可以捕捉雪拉比。
阿鲁夫遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
部分神奇宝贝获得新的升级技能。
在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝；在英文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。
黄金市也有了很大的变化,神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方）
来到浅黄市,竟然发现有一座战斗塔(上网才有用).…… 金银版可见编号精灵属性037 六尾 火 038九尾火056 猴怪 格 057 火爆猴 格 179 咩利羊 电 180 绵绵 电 181 电龙 电 203 麒麟奇 普/超 223 铁炮鱼 水 224 章鱼桶 水 只在第一世代编号 精灵 属性 001 妙蛙种子 草/毒 002 妙蛙草 草/毒 003 妙蛙花 草/毒 004 小火龙 火 005 火恐龙 火 006 喷火龙 火/飞 007 杰尼龟 水 008 卡咪龟 水 009 水箭龟 水 138 菊石兽 岩/水 139 多刺菊石兽 岩/水 140 化石盔 岩/水 141 镰刀盔 岩/水 144 急冻鸟 冰/飞 145 闪电鸟 电/飞 146 火焰鸟 火/飞 150 超梦 超 151 梦幻 超
