雷公山自然保护区按其功能区划为三个分区：
核心区：核心区位于保护区的中部。首先它是我国乃至世界上不可多得的研究亚热带森林生态系统稳定性、演替规律和植被恢复途径的良好场所，同时也是中亚热带唯一的天然秃杉林和保护、科学研究和繁殖培育基地；其次它是珍稀濒危生物物种基因库，有19种植物和26种动物属国家级保护对象，特别是秃杉属第三纪古热带植物区系孑遗种，爬行类动物资源丰富全国著称；第三它是长江水系和珠江水系极为明显的分水岭，也是源于此地的清水江、都柳江的主要补给源。在地域上连片、无人为干扰，原生状态保存完好。其范围是：由雀鸟村至新寨、干茶西、熊迁坡、九眼塘、木樟坳顶、雀鸟坳顶、雷公山、野得坡、冷竹山、白当、桥水溪口、大毛坡、七里冲。面积17334.0公顷，占保护区总面积的36.6%。
缓冲区：缓冲区是核心区与实验区的过渡地带，对核心区起保护和缓冲作用，扩大和延伸被保护物种的生长和活动区域。其主要特征是：主要保护对象分布较多，自然生态系统较完整，以原生生态系统为主，也有少量次生生态系统存在。其范围是：由白虾至别正非、陡寨、石灰河、长水平、野躲牛、三湾、屋角、双溪、凉风洞、新寨。面积9504.7公顷，占保护区总面积的20.1%。
实验区：实验区是保护区内人为活动相对频繁的地区，自然生态系统不完整，次生生态系统已占较大比例。其主要功能是对核心区起到更大的缓冲作用和与周边地区的联系纽带作用。面积20461.3公顷，占保护区总面积的43.3%。 雷公山自然保护区建立以来，在上级党委、政府的领导下，在省、州林业主管部门的指导、关心下，我局确立了“保护、科研、富民”的指导思想，采取“堵一扇门、开一条路、搭一座桥”的管护措施，使雷公山自然保护区建设与发展取得了较大的成就。主要措施有：
1、抓宣传教育 提高社区群众觉悟
保护区森林资源的保护与管理是一项涉及面广、难度大的工作，需要全社会的关心与支持。针对保护区内群众文化落后，法制观念淡薄等实情，一方面大张旗鼓地宣传《森林法》、《自然保护区条例》等有关法律法规，帮助群众提高法制意识。另一方面采取多种形式宣传雷公山自然保护区工作的重要性、必要性以及当前面临的形势、存在的问题等，争得了各级政府、社会各界对保护区工作的了解、关心与支持。黔东南州人民政府对保护区的建设与管理极为重视，不但积极筹措资金，加强对保护区的基础设施建设，而且还颁布了《雷公山自然保护区管理条例》，这为推动保护区的建设与管理起到了积极的促进作用。
2、抓资源管理 有效保护资源
（1）明确重点。结合我保护区的实情，在全面管护的基础上，我局突出加强对水源涵养林区、核心区和列入国家保护的珍稀濒危动植物的保护与管理，有效地促进了资源的保护和珍稀物种的发展。
（2）责任明确。我局采取“划片包干、签订合同、责任到人、按期验收、奖惩兑现”的方法，层层签订责任状，把山头地块的管护任务落实到人，根据合同指标验收兑现工资，大大地增强了管护、执法人员的工作责任感。
（3）依法治林。1986年以来，查处林业案件814起，其中：林区社会治安案件257起，裁决250起，占97.2%；林业行政案件共402起；林业刑事案件155起，破138起，占89%。通过对违法案件的查处，不仅打击犯罪分子，而且也教育了群众，有效地遏制偷砍盗伐、乱砍滥伐林木的不法行为。使区内林业案件的发案率明显降低。
（4）加强珍稀树种的培育及造林绿化工作。我局在区内累计造林3万余亩，其中：社会造林1.9万余亩，杉木用材林基地0.359万亩，经济林基地近1万亩；封山育林5万亩。建成秃杉人工林基地近1000亩，秃杉种子园200余亩。
（5）加强森林防火和病虫害防治。近年来，我局采取建立健全各级森林防火组织，加强森林防火宣传力度，强化火源管理及用火制度等措施，使区内火警明显减少，没有发生大的火灾。对植被的恢复和发展起到了积极促进作用。在病虫害防治工作上，增强检疫队伍，并层层签订目标责任状，发现病虫害及时治理，使区内近年来未发现病虫害对森林植被的危害。
