西吴时期（1364-1368）
元朝末年，政治腐败，蒙古统治者争权夺利，包括汉族在内广大人民受到空前压迫，国库也日渐空虚。
1351年，朝廷征调农民和兵士十几万人治理黄河水患。“治河”和“变钞”成为民变的导火线，导致红巾军起义的爆发。
1351年5月，韩山童、刘福通领导红巾军起义爆发。次年，郭子兴响应，聚众起义，攻占濠州。不久，贫苦农民出身濠州人朱元璋受汤和邀请投奔郭子兴，屡立战功，受郭子兴器重和信任，并娶郭子兴养女马氏为妻。之后，朱元璋离开濠州，发展自己的势力。1355年，刘福通立韩林儿为帝，国号大宋，年号龙凤，称小明王，以亳州为都城。郭子兴病故后朱元璋统率郭部，任小明王左副元帅。1356年，率兵占领集庆，改名为应天府，并攻下周围一些军事要地，获得了一块立足的基地。朱元璋采纳朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议。1360年，通过鄱阳湖水战，陈友谅势力遭到巨大打击。1361年，小明王封朱元璋为吴国公。1363年，陈友谅势力被完全消灭。1364年，朱元璋自称吴王，史称西吴王，与位于平江的东吴王张士诚相区别。1366年小明王沉于江中溺死，朱元璋将明年改为吴元年。1367年，攻下平江，张士诚自尽，后又灭浙江的方国珍。1368年正月初四（西历元月二十三日），朱元璋在应天称帝，建立明朝，改元洪武，后进行北伐和西征，同年攻占大都，元顺帝北逃。之后朱元璋继续消灭位于四川的明玉珍势力和据守云南的元朝梁王。又深入漠北，进攻北元。天下至此初定。
明朝时期（1368-1644）
洪武之治
明朝建立后，一方面减轻农民负担，恢复社会的经济生产，惩治贪污的官吏，收到一定的效果。明朝确立了里甲制，配合赋役黄册和鱼鳞图册的施行，落实赋税劳役的征收及地方治安的维持。此时经济长足发展，全国人口大大增加。同时朱元璋多次派军北伐蒙古，取得多次胜利，最终在捕鱼儿海灭亡北元朝廷，维护了国家的统一。
朱元璋性格极端，为了巩固中央集权在位期间效仿了汉高祖刘邦大肆屠戮功臣，朱元璋两兴大狱，即“胡蓝党狱”，，“胡蓝党狱”牵连总人数在十多万人，一批批功臣宿将被无辜冤杀，许多无辜官员百姓也被牵连其中遭受灭族之祸，马皇后宽厚贤德多次劝荐挽救过很多许多人的性命，但马皇后是唯一能阻止朱元璋拿起屠刀的人，马皇后去世后朱元璋杀伐更甚，直至其生命终结。这给朱元璋留下了累累恶名，朱元璋的极端个性很大程度上，维护了中央政权的稳固，却也为日后的靖难之役，埋下了伏笔。
靖难之役
明成祖朱棣
朱元璋分封诸子为藩王，以加强边防、保卫皇位。藩王之中，北方藩王势力较强，主要是对蒙古的边防任务。又尤以燕王朱棣和晋王势力最大。对皇权构成极大威胁。
朱元璋死后，皇太孙朱允炆继位，是为惠宗，年号建文。建文帝立刻与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。周王、代王、齐王、湘王、岷王等先后或被废为庶人，或被杀。同时以边防为名调离燕王的精兵，准备削除燕王。结果燕王朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧”的名义，发动靖难之役，最终占领了南京，建文帝在宫城大火中下落不明。朱棣胜利，靖难之役告终。朱棣革除建文年号，继续使用“洪武”纪年，即建文四年改为洪武三十五年，次年改元永乐。同时下令尽复建文朝所改的一切成法和官制。永乐元年，朱棣登基，是为明成祖（仁宗时定庙号为太宗，世宗于嘉靖十七年九月改庙号为成祖）。
永乐盛世
朱棣即位之后，武功昌盛，先是出击安南，后又亲自五入漠北攻打蒙古以绝后患。在文治上，成祖下令编写《永乐大典》。三年即成。《永乐大典》有22877卷，有凡例、目录60卷，11095册，引书达七八千种，字数约有三亿七千多万，且无删节。永乐三年始，派郑和下西洋，规模空前，扩大了明朝的影响力。永乐元年（1403年），明太宗下诏将北平改名北京，称行在，并设立北京国子监等衙门。永乐五年（1407年），下诏在北京修建宫殿。永乐七年（1409年），成祖巡幸北京，在北京设立六部与都察院，并在北京为逝世的徐皇后设立陵寝，已经显示迁都的迹象。经过十几年的经营，北京初步得到了繁荣。1416年，朱棣公布迁都的想法，得到认同。永乐十五年开始大规模营造北京，永乐十八年宣告完工，永乐十九年正式迁都。朱棣统治期间史称永乐盛世。
成祖对异议者强力镇压，诸如黄子澄、齐泰等建文旧臣等都被杀。其中以方孝孺的诛族和景清的“瓜蔓抄”最为惨烈。另外他还设置了另外一个特务组织——东厂。明代厂卫制度确立。
仁宣之治
明仁宣之治是明成祖朱棣以后，明仁宗朱高炽和明宣宗朱瞻基采取了宽松治国和息兵养民的政策．明初社会经济经洪武、建文、永乐三朝的恢复发展，到仁宗、宣宗两朝，出现了社会经济的繁荣。仁宗时“停罢采买，平反冤滥，贡赋各随物资产，陂池与民同利”。宣宗时实行重农政策，赈荒惩贪。仁宣两朝，内阁大学士杨士奇、杨溥、杨荣执掌朝政，多有建树。他们在位期间成为历史上的吏治清明，经济发展，社会稳定的时期。后世称之为“仁宣之治”，比之于西汉“文景之治”。
土木之变与夺门之变
宣德十年（1435年），9岁的明英宗朱祁镇继位。在张太皇太后及元老重臣杨士奇、杨溥、杨荣（三杨）的辅佐下，明朝继续沿着仁宣时期的路线稳步前进。正统七年（1442年）太皇太后死，三杨也退出政治舞台，于是英宗宠信的宦官王振更加专横跋扈，开始专权。
明英宗
正统初年，蒙古瓦剌部逐渐强大，经常在明朝边境一带生事。瓦剌首领也先在正统十四年（1449年）七月南下攻明。王振即挟英宗领兵五十万亲征。大军离京后，兵士乏粮劳顿。八月初大军才至大同。王振得报前线各路溃败，惧不敢战，又令返回。回师至土木堡时，被瓦剌军追上，兵士死伤过半，随从王公大臣或死难或被俘。而英宗突围不成被俘，王振也被护卫将军樊忠打死，此即为土木堡之变。
土木堡之变的消息来到京师后，朝中混乱。一些大臣要求迁都南京，被兵部侍郎于谦驳斥。继而大臣拥戴英宗弟朱祁钰即位，是为代宗，改元景泰。同时于谦积极备战。同年十月，瓦剌军直逼北京城下，安置英宗于德胜门外土关。瓦剌军队的进攻未果，大败逃走，明军取得了北京保卫战的胜利。
也先见继续绑架英宗已无意义，乃于次年八月释放英宗。但代宗先是不愿遣使迎驾，又把英宗放在南宫软禁，并废皇太子朱见深（英宗之子，后来的宪宗）为沂王，立自己的儿子朱见济为太子。十六日，副都御史徐有贞率军夜入南宫，拥戴英宗夺门（东华门）复位，改元天顺。又杀害于谦及大学士王文，诬陷其欲立襄王之子为帝。此为夺门之变，又号“南宫复辟”。
宪宗时期
英宗复辟八年而死，儿子朱见深即位，是为明宪宗。成化二年谕祭于谦，复其子冕官，成化十一年恢复代宗帝号。又能体谅民情，励精图治，俨然为一代明君。琉球、哈密、暹罗、土鲁番、撒马儿罕等国纷纷入贡。但好景不长，宪宗好方术，终日沉溺于后宫，与比他大18岁的万贵妃享乐，并宠信宦官汪直、梁芳等人，他们肆意挥霍国库，导致国政大乱。而朝廷中佞臣当道，政局昏暗。宪宗还设置皇庄，开明代土地兼并之先河。另外，宪宗还开始了皇帝直接颁诏令封官的制度，是为传奉官。结果传奉官泛滥，舞弊成风。直到孝宗时期这些官员才全被裁撤。宦官汪直受到宪宗的宠信，张狂跋扈，设置特务组织西厂大肆冤杀普通民众与官员，民愤四起。成化十八年（1482年），汪直才因言官弹劾而被贬。
成化初期，明朝不时受到逐渐强大的建州女真侵扰，每年被掠大量财物，人民不堪其苦，成化帝多次招抚建州首领董山不成。成化三年，明廷诱使董山来朝谢罪之机斩杀董山，并由赵辅统兵5万出击建州，意在犁廷捣巢，朝鲜受到成化帝敕令而协同明军作战，此战失去头目董山的建州女真大败，军队被斩杀数万，从此一蹶不振，百年之后方得复苏。
弘治中兴
宪宗死后，明孝宗朱佑樘即位。由于孝宗自幼生于微寒，所以孝宗在位期间“更新庶政，言路大开”，使英宗朝以来奸佞当道的局面得以改观，被誉为“中兴之令主”孝宗的励精图治，被称为弘治中兴。虽末年宠信宦官李广，但是立刻改过自新，历代史学家对他评价极高。 孝宗在位期间，先是将宪宗期间留下的一批奸佞冗官尽数罢去，逮捕治罪。并选贤举能，将能臣委以重任。孝宗勤于政事，每日两次视朝。孝宗对宦官严加节制，特务部门也只能谨慎行事，用刑宽松。孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。用情专一，一生除了张皇后外无任何妃嫔。在其治理下，弘治朝吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，百姓富裕。
武宗时期
弘治十八年五月，孝宗病死。十五岁的太子朱厚照即位，是为武宗，改元正德。武宗精通佛学，会梵文，还能礼贤下士，但贪图享乐。刘瑾、马永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、高凤、罗祥等八位过去的东宫宦官相互勾结，是为“八虎”。刘瑾的专权也引发了朝中大臣一其它“七虎”的不满。最终刘瑾被凌迟处死。
正德十二年十月，蒙古鞑靼小王子率五万人大规模侵入边境，正德帝御驾亲征击败小王子，史称“应州大捷”此役后果是，鞑靼人“是后岁犯边，然不敢深入。”
武宗的荒游逸乐导致正德年间土地兼并激烈，阶级矛盾和统治集团内部矛盾加深，因此变乱频生，先后发生宁夏安化王朱寘鐇谋反、直隶刘六、刘七起义、江西宁王朱宸濠谋反等重大事件。正德十五年，武宗于南直隶清江浦（江苏淮安）泛舟取乐时落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世。
嘉靖时期
武宗无子嗣无兄弟。死后由孝宗弟兴献王长子朱厚熜即位，是为明世宗。世宗一即位，
嘉靖帝
罢黜各地镇守太监，整顿税收，节俭财政，似乎要有所作为。但是大礼议事件严重损害了朝政：世宗要求称生父为皇考，称孝宗为皇伯考。但内阁首辅杨延和、礼部尚书毛澄等坚持以为不可，但是也有一些大臣纷纷迎合帝意。最后世宗尊其生父恭睿渊仁宽穆纯圣献皇帝，庙号睿宗。这样睿宗神主就升祔太庙，而跻于武宗之上（隆庆元年，罢睿宗明堂配享）。大礼仪引起轩然大波，朝臣中反对者均受打击，或被罢官，或被入狱。受杖者一百八十余人，杖死者十七人。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宫变”后世宗即不视朝。此后宠臣严嵩专政20余年。
嘉靖一朝，北面鞑靼部趁明朝衰弱而占据河套。嘉靖1550年，鞑靼首领俺答汗进犯，在北京城郊大肆抢掠之后西去，明军在追击中大败，此为庚戌之变。穆宗时，明朝与蒙古通好，俺答被封为顺义王，在南部海疆，倭寇横行，人民生活生产受到严重破坏。但是后为戚继光、胡宗宪、俞大猷剿灭。
隆庆新政
世宗去世后，皇子朱载垕即位，是为明穆宗，改元隆庆。穆宗在位六年，任用能臣如高拱、徐阶、张居正等。
隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与蒙古达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关；因为这两项伟大措施，明朝又重现中兴气象，史称隆庆新政，为万历中兴奠定了基础。
张居正改革
隆庆六年，明穆宗突然中风驾崩，子朱翊钧继位，改元万历，是为神宗。由于年幼，由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，张居正得到冯保的支持。
张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。洪武年间，全国耕种田地有八百五十万零七千六百卅二顷。到了1502年降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总理蓟、昌、保三镇练兵，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时严惩贪官污吏，裁汰冗员。张居正改革后，万历初年呈现出太平盛世的景象，史称万历中兴。
万历中兴
张居正死后初期，万历帝尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。万历14年后，神宗就开始连续不上朝。万历十七年元旦后，神宗以日食为由免去元旦朝贺，此后每年元旦神宗再也不视朝。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。御使袁可立借雷震景德门的机会上疏抨击朝政，被震怒的神宗皇帝罢官为民。神宗委顿于上，百官党争于下，政府完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。然后正是由于这些原因，民间工商业以及文化得到极大的发展，万历年间是明代经济最发达的时期，所谓资本主义萌芽，正是兴盛于此。
万历朝包括援助李氏朝鲜抵抗日本侵略的壬辰倭乱、平定宁夏哱拜之乱、平定贵州杨应龙之乱的万历三大征都取得了胜利。
万历四十六年（1618年），后金汗努尔哈赤以“七大恨”告天，誓师叛明。次年在萨尔浒之战中大败明军，明对后金从此转为战略防御。万历48年，神宗病逝。
天启时期
泰昌元年(1620)，光宗驾崩。长子朱由校继位，是为明熹宗，改元天启。熹宗文化水平不高，又喜欢木匠工作。阉党魏忠贤趁势而起，结党乱政，明朝社会更加黑暗。
所谓的“魏忠贤乱政”，是明朝文官集团中占有优势数量的“东林党”和“浙党”、“齐党”、“鲁党”为了各自的利益所引发的。皇帝企图通过内廷与朝中少数派的官员联合起来，从东林党把持的内阁中争夺权力的斗争。这种斗争随着天启皇帝病逝而最后告终。天启皇帝死后，崇祯皇帝又开始起用“东林党”官员，1627年十月魏忠贤被皇帝调到凤阳看守皇陵，魏忠贤上吊自杀。
崇祯时期
天启七年，熹宗死去。继任熹宗的是其弟信王朱由检，是为思宗（明安宗初谥为思宗，后改为毅宗，明绍宗谥为威宗），年号崇祯。他即位后，锐意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宫外。时机成熟后，崇祯帝下令魏忠贤去凤阳守陵。魏忠贤在前去过程中得知被崇祯帝已派锦衣卫来逮捕他，便与党羽李朝钦一起自缢。崇祯帝将其首级悬于河间老家。同时将客氏押到浣衣局处死。阉党其它分子也被贬黜或处死。阉党专权虽然结束，但其后朝中又党争不断，崇祯帝对朝政又开始失望。为中兴国政，他开始加强集权，力图控制百官，任用宦官来贯彻自己的革新意志。
1626年冬，努尔哈赤死，袁崇焕为议和遣僧前去吊孝，遭到时任兵部左侍郎袁可立等人的激烈反对。1629年（崇祯二年）10月，后金汗皇太极由蒙古人做向导亲率大军，通过喜峰口，从龙井关突破长城，攻陷遵化、滦州、永平、迁安四座要塞，直逼帝都。由于人事变动，朝廷一度失去了对辽西边防军的控制，而卫戍帝都之三大营为后金武力威慑，北京城外园亭庄舍被入侵者蹂躏殆尽。 同年12月，崇祯帝诏令天下兵马进京勤王。
1630年（崇祯三年），帝以“咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将负责辽东军务的袁崇焕处死。同年，后金大军直抵北京城外，明廷大震，重庆女总兵秦良玉挺身而出，率领“白杆兵”主动向八旗军发起进攻。在北京永定门外，皇太极派出多尔衮部迎战秦良玉部。这一仗，秦良玉率白杆兵在孙承宗等老将的配合下战胜铁蹄骑兵。之后，秦良玉又趁风雪之夜成功偷袭后金大汗皇太极的大营。迫使皇太极不得不连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，无功而返，退出关外。
1640年，明清松锦之战爆发，1642年洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。
1641年，李自成攻陷洛阳，杀福王朱常洵。1643年十月年李自成攻破潼关，十一月占领西安。张献忠领导的农民军先是攻克了湖广地区，后又攻克四川，建立大西政权。1644年李自成在西安建立大顺政权，年号永昌。1644年（崇祯十七年）三月，农民军攻陷大同、宣府、居庸关。十八日，农民军攻克北京外城。次日凌晨，崇祯帝在北京煤山自缢，明朝灭亡。
南明时期（1644-1662）
弘光时期
1644年四月廿一日，李自成亲率部队与吴三桂在山海关外的一片石大战，但由于清军参战，李自成大败，接着放弃北京向西安撤退。五月初二，清摄政王多尔衮进京。八日，清顺治帝进北京，北京开始成为清朝都城。而在南京明朝设有形式上的基本的政府机关。1644年五月初三日，崇祯皇帝的堂兄弟福王朱由崧被推为监国。十二天后，朱由崧即皇帝位，是为安宗，以次年为弘光元年。弘光政府内斗不断，内部由阉党余孽专权，实行“联虏平寇”的错误国策，弘光帝也不理政事沉湎在酒色。此时农民军接连内讧，与清军交战时也连连失败，弘光元年正月，清军攻破潼关，李自成向湖北撤退。弘光元年三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南下，进攻南明。清军很快就到了史可法镇守的扬州城，史可法死守七日七夜，城破，史可法被杀，清军随后在扬州进行整整十日的大屠杀，史称扬州十日，死难者达80万。之后，清军渡江，攻破南京。弘光帝被俘，押解到北京，次年被杀于北京宣武门外的柴市。清军占南京后，又接连攻克苏州、杭州、松江、常州等江南大部。弘光元年六月，清军再下剃发令，命令十天之内，清占区汉人一律模仿满族装饰剃发易服，“留头不留发，留发不留头”，引发了汉族群众的强烈反抗。江南百姓纷纷起义抗清，其中以嘉定和江阴人民的抗清尤为顽强激烈，先后发生了“嘉定三屠”和“江阴八十一日”等抗清事件，但都被清军血腥镇压。清朝统治者野蛮贯彻执行剃发易服，期间死难者人数总数逾越百万。
隆武、绍武时期
弘光政权覆灭后，鲁王朱以海监国于绍兴，唐王朱聿键称帝于福州，是为绍宗，年号隆武。隆武帝是南明时期最有作为的一位皇帝，励精图治，关心百姓疾苦，一洗前人弊端，基本国策改以“御虏”为主，但被拥立其继位的郑氏集团架空，处处受制于郑芝龙。1646年（隆武二年）二月，清军开始征伐福建与浙江。六月，鲁王兵败，在张煌言保护下逃亡海上。八月，隆武帝与清朝追兵搏斗时被乱箭射杀于汀州城衙的大堂上（一说被俘杀）。十一月初五，隆武帝之弟朱聿鐭称帝于广州，是为文宗，改元绍武，仅41天即被清军俘虏绝食而死。十一月十五，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。
永历时期
隆武帝被害后，桂王朱由榔于当年十月初十监国于肇庆，11月18日称帝，是为昭宗，以次年为永历元年。永历政权与已经被击溃的张献忠李自成残部联合抗清，一度收复湖南全境；郑成功坚持在东南沿海地区进行抗清活动，一度攻克过漳泉二府，并奉永历为正朔，永历二年，永历帝指派宁靖王朱术桂到郑成功的部队监国。永历三年后，清军大兵压境，湖南再度沦陷。永历四年，清军攻克广州与桂林。永历帝被迫退守南宁。
永历五年，孙可望迎永历帝入贵州安隆所。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡州大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机发动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武海大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。
之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，于1653年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州湾大捷，1657年又取得护国岭大捷。
永历十年（1656年），孙可望秘谋篡位，引发了南明内部一场内讧，李定国拥永历帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷。永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永历帝狼狈西奔，进入缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。
这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷一系列的胜利。一度兵临南京城下，并收复长江中下游四府地方，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门海大捷的胜利，全歼达素率领的八旗、绿营水师，炮毙清顺治帝于厦门思明港，稳定了东南沿海局势。
此时清军入缅，逼迫缅甸政府交出永历帝。永历十五年三月郑成功派儿子郑经留守金厦，自己攻打被荷兰占领的台湾，经过九月苦战于次年二月复台。永历十六年四月，永历帝被吴三桂绞杀于云南昆明，南明灭亡。
明郑时期（1662-1683）
永历帝被害后，全国较大规模抗清活动就只有夔东十三家与郑成功在台澎金厦1662年清军开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家自焚。永历十六年五月郑成功病逝后，郑经从厦门来到台湾接手经营，继续沿用永历年号，表面上仍旧奉明监国宁靖王朱术桂为正朔，并于次年从福建迎接朱术桂入台。1663年满清与荷兰联手进攻金门与厦门，金厦两岛陷，明郑势力撤退台湾，在陈永华的辅政下，抚土民、通商贩、兴学校、进人才、定制度，境内大治。1673年三藩之乱爆发，郑经接受靖南王耿精忠请援，率军西征福建。郑经收回厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。后来，广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦败亡，郑经势力败退仅能守住厦门，1680年清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后沉迷于酒色。1681年郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范毒害郑克臧，拥立其婿郑克塽，独揽大权。清康熙帝趁明郑政权内部爆发内讧，以叛将施琅为水师提督着手征讨台湾。1683年，施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，结果郑克塽剃发降清，宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，全国最后一支抗清势力覆灭。
推荐你看 《明朝那些事》正史，非常详细
http://v.youku.com/v_show/id_XMjk3Mzk4MzI=.html 明朝对欧洲殖民者的辉煌胜利
参考资料：百科