维生素B2的缺乏通常是由摄入不足或酒精过量导致，某些药物如精神病药物普吗嗪、丙咪嗪，抗癌药阿霉素，以及抗疟药阿的平等也可能引发缺乏。初期的维生素B2缺乏可能没有明显症状，但严重缺乏会引起一系列问题。
首先，口腔-生殖综合征是常见症状，表现为口唇红肿、口角白色或有裂纹、口腔炎、唇炎、口腔溃疡、舌炎、地图舌等。眼部症状包括睑缘炎、畏光、流泪、视力模糊、结膜炎等。皮肤上可能出现丘疹性或湿疹性阴囊炎，以及鼻唇沟、眉间和耳后的脂溢性皮炎。女性阴囊炎以红斑型为主，伴有鳞屑，丘疹型则为小丘疹，湿疹型则表现为苔藓化和糜烂渗液。
长期缺乏维生素B2可能导致儿童生长受阻和轻度贫血。同时，维生素B2缺乏还可能伴随其他B族维生素缺乏的症状。维生素B2与其他维生素如B6、C和叶酸共同作用效果最佳，且本身无毒性。
缺乏B2时，粘膜层问题频发，如粘膜变薄、微血管破裂，对女性生殖器官造成影响，如阴道干燥、粘膜充血、溃烂，影响性欲和性生活质量。若出现这些症状，应首先通过饮食调整，增加富含维生素B2的食物如奶制品、动物内脏、蛋黄等。严重时可短期服用B2片，每日3次，每次10毫克，症状改善后停用。
维生素B2又叫核黄素，微溶于水，在中性或酸性溶液中加热是稳定的。为体内黄酶类辅基的组成部分（黄酶在生物氧化还原中发挥递氢作用），当缺乏时，就影响机体的生物氧化，使代谢发生障碍。其病变多表现为口、眼和外生殖器部位的炎症，如口角炎、唇炎、舌炎、眼结膜炎和阴囊炎等，故本品可用于上述疾病的防治。体内维生素B2的储存是很有限的，因此每天都要由饮食提供。维生素B2的两个性质是造成其损失的主要原因：（1）可被光破坏；（2）在碱溶液中加热可被破坏。