东巴文化，作为纳西族历史悠久的传统文化，其根源可以追溯至东巴教，这一以祖先和自然崇拜为核心的原始宗教已有千年历史。"东巴"一词，意指智慧的传承者，他们集巫医、学者、艺人和工匠于一身，是纳西族传统知识的守护者。独特的东巴象形文字，拥有1400多个字符，被誉为世界上仅存的活态象形文字，包含丰富的哲学、历史、宗教、医学和艺术内容，被誉为纳西族古代社会的“百科全书”，其中的经文典籍数量庞大，达2万多册，1500多种。
自19世纪起，东巴文化就吸引了国际学者的关注，如今，全球17个国家和地区珍藏有东巴经书，对这一文化进行了多角度的研究。然而，随着历史变迁，东巴活动在丽江部分地区几乎消失，多数人对东巴文化知之甚少，使其面临成为博物馆和图书馆展品的危险。对此，李锡等人在国内外积极呼吁保护，强调东巴文化不仅限于古代或宗教，而是深深植根于民间，东巴经书的书写文字应正名为“纳西象形文”，并重新定义东巴的身份为智慧的劳动者和祭师。
未来，东巴文化的发展应以学术研究为核心，产业开发为推动力，民间传承为基石，紧跟时代步伐，随着民族进步而发展。它不仅是古代纳西生活的一部分，更是现代纳西人生活中的重要组成部分。人民群众的参与和传承，是东巴文化得以保存和发展的关键因素。
东巴文化博物馆以东巴文化为特色，占地7亩，包括历史、自然、艺术在内的综合性民族民俗博物馆。博物馆主体建筑形式为仿古纳西族四合院式，根据地形地貌，充分利用山水环境条件，形成以群体院落作为主体建筑带的古建筑。