1、第001话 云霄飞车杀人事件
高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。
某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。
2、第050话 外交官杀人事件(下集)
小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认。
这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后，工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南，休息了三天后，他意识到老白干是让他恢复原形的方法。
3、第172话 飞天密室
小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情，当时正值深夜，飞机上所有的人都在睡觉，突然传来一声尖叫，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害。
碰巧目暮警官也在飞机上，于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查，在寻找凶器无果后，新一想到凶器一定就在凶手身上。
4、第173话 飞天密室
新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线，虽然鹭沼的嫌疑最大，但新一却说凶手不是他，因为他被真凶所利用，推理一步步接近真相。
5、第536话 服部平次vs工藤新一
平次和柯南打电话的时候，讲起了自己在初中时期遇到的一个未曾谋面的劲敌。当时，平次和同学们一起来山里滑雪，不想遇见一起命案，而死者正是著名演员箕轮奖兵，这起案件与四年前曾在这里发生过的命案极其相似，受害者都是死在缆车上并且身边的背包里全是雪。
在调查过程中，服部总会从别人口中听到一个同样参与破案的初中生，而这个人正是工藤新一，服部不由和这个“隐形”对手较起了劲。
7 每月一件礼物威胁事件（小兰怀疑柯南是新一，柯南让阿笠博士用蝴蝶结形变声机用新一的声音给小兰打电话）；
10 足球选手恐吓事件（委托人想找新一，小兰吃醋一同前往）；
19 六月新娘杀人事件（园子、小兰和新一的国中音乐老师松本小百合的结婚典礼，柯南终于知道国中三年被欺负的原因）；
43 卡拉OK厅事假（柯南用新一的声音进行破案）；
44 江户川柯南诱拐事件（新一的父母联合阿笠博士诱拐柯南到美国去可是没成功）；
49~50 外交官杀人事件上下（柯南第一次变回新一，原因是重感冒再加上服部平次给柯南喝的白干的酒）；
56 电玩公司杀人事件（有黑暗组织的下落了）；
59~60 福尔摩斯迷杀人事件（柯南与服部平次相遇，服部猜到柯南的真实身份）；
78~79 柯南对怪盗基德上下（柯南为抓住基德，柯南给阿笠博士打电话获得基德的代号）；
80~81 名家连续惨死事件上下（柯南和服部平次三次见面二次联手破案，服部平藏登场）；
87~88 滑雪别墅杀人事件上下（上集事件发生有小兰和米原老师提到，下集柯南用蝴蝶结变声器用新一的声音打到小兰带着的耳环式行动电话进行推理破案）；
99~100 总投无路的名侦探连续两大杀人事件（魔术师杀人事件篇小兰对柯南的身份再次起疑）；
101~102 总投无路的名侦探连续两大杀人事件（工藤有希子带柯南到乡下有希子一起长大的好朋友家，工藤优作进行推理）；
106~107 初恋情人回忆事件上下（麻美学姐教小兰烤柠檬派，新一被麻美告白）；
124~125 浪花连续杀人事件上下（远山和叶登场，和叶吃起小兰的醋 ，柯南保护小兰被刺，平次被打伤）；
135 黑暗组织十亿元抢劫事件（宫野明美被杀琴酒所杀）；
136~139 黑暗组织来的女子 大学教授杀人事件（灰原登场）；
154~155 上野出发的北斗星上下（凶手以优作未发表的小说情节杀人）；
172~173 飞天密室 工藤新一最初的案件上下（飞机上小兰的回忆）；
190~192 与黑暗组织再次重逢（灰原首次变回宫野志保，匹斯可被琴酒所杀）；
203 生死一瞬间 侦探队洞窟探险记（侦探队野外洞窟探险柯南受伤）；
204 生死一瞬间 名侦探负伤记（柯南受伤被送医救治，小兰抽血救柯南）；
205 生死一瞬间 第三个选择（帝丹中学园游会小兰主演话剧）；
206 生死一瞬间 黑衣骑士（新一与平次联手推理破案）；
207 生死一瞬间 新一回来了（新一回到学校上学，新一和小兰约会）；
208 生死一瞬间 约会的地点（工藤父子相继破了凶手父子相隔20年后的案子,破完案子后新一又变回柯南）；
257~258 大阪3K事件上下（小兰为新一要到最爱足球选手签名，柯南与平次一起破案）；
259 新干线护送事件上集（这集刚开始时柯南以新一的声音给小兰打电话）；
272~273 总局刑警恋爱物语4上下（柯南以新一的声音打电话个高木警官协助他破案）；
306~307 中华街雨中的幻影上下（小兰感冒发烧产生见到新一的幻觉）；
308~310 工藤新一的纽约事件上中下（新一和小兰抵达美国，莎朗温亚德登场）；
326~329 撼动警视厅 1200万人质系列（少年侦探团的各位不巧被卷进一起事件，柯南不得已拆掉炸弹时高木警官问柯南他到底是何方神圣，柯南会他说他的确有另一个身份要到最后才告诉他）；
358~359 相似的两位公主上下（帝丹高中选美的帝丹女王和帝丹公主共同破案）；
369~370 便利商店的陷阱上下（小兰和新一一起推理破案为国中同学洗刷冤屈）；
371~375 与黑色组织面对面 满月之夜的两起神秘事件系列（服部以工藤新一的名义参加宴会，并借助着柯南的推理一同破案）；
434 满腹疑惑的小兰（小兰对柯南的手机进行密码破解，之后柯南以新一的名义打电话个小兰）；
452 米花町斜顶阁楼之家（优作和有希子夫妇变装偷拍事务所变小的柯南）；
475 上户彩与新一四年前的约定（上户彩拜访新一家偶然得知小彩小姐的邻居婆婆要自杀，小彩小姐和小兰园子前去阻止，柯南以新一的名义打电话给上户彩小姐回答她四年前的约定）；
512~513 工藤新一少年冒险上下（柯南把小时候和小兰回忆的故事讲给班里的同学们听）；
519~522 与服部平次共度的三天系列（有个侦探甲子园的节目服部代表西部，大家以为东部是工藤新一会去，结果邀请了白马探）；
536~537 服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决上下（服部平次和工藤新一最开始的推理对决破案后，两人擦身而过，新一那时已经知道服部的身份，可是那时服部不知道）；
554~555 卡拉OK包厢的死角上下（本堂瑛佑拒绝FBI的证人保护制度的保护，要转回美国的学校也想把小兰带到美国，柯南向瑛佑说明身份不让他把小兰带到美国去）；
566 风林火山 阴影和雷光的对决（最后结尾小兰和和叶分别向新一和平次告白，但最后放弃）；
570~571 杀人犯 工藤新一上下（最后假扮的那个人是屋田诚人；屋田诚人给工藤新一写信说他之前推理的案子有错误让他到林里的木屋一叙）；
572~573 新一的真实身份和小兰的眼泪上下（可是阿笠博士误把灰原哀制作的APTX—4869的解药当做感冒药拿给了服部让柯南服下，柯南就变回了工藤新一的模样保护小兰不被嫌犯所伤害）；
574 真正想知道的事（服部他们一行人在回东京的路上，又卷到一起案件平次和新一共同推理解决案件后，小兰想知道她在新一心里的位置和感觉死也不放手）；
659~660 背叛的白色情人节上下（最后结尾时小兰受到柯南以新一的名义送给小兰白色情人节的回礼一包喉糖）；
667福尔摩斯默示录 名侦探的弟子（柯南吃了小哀给的药坐飞机去的英国）；
668福尔摩斯默示录 Love is 0 （小兰在途中打电话给新一问关于暗号的事，不巧大本钟此时响起，小兰猜到新一可能也在英国就去追，柯南没处躲就躲到电话亭里了在里面吃下小哀给的另一粒药变成新一）；
669福尔摩斯默示录 撒旦 （柯南变成新一后，新一在大本钟下面向小兰告白，新一不敢外出，但利用电话向小兰和毛利大叔给予提示）；
672福尔摩斯默示录 0 is Start（柯南在网球场外见到了父母工藤优作和有希子，从父母那里拿到了回程用的解药）；
679柯南与基德的龙马宝物攻防线 下集（结尾柯南在男厕所找到了基德的伪装，基德问题他是否是龙马迷，柯南告诉他，因为自己的妈妈之前演过龙马的姐姐而且演的很可爱）；
698幽灵饭店的推理对决 下集（柯南边用工藤新一的电话边与世良真纯推理破案）；
700侦探事务所挟持事件 阻击（柯南打电话给小兰，发现事务所那边有事件发生，柯南用新一的身份被要求破案）；
701侦探事务所挟持事件 解放（柯南用新一的身份继续推理破案）；
703柯南VS平次东西侦探推理对决 下集（柯南利用电话以工藤新一的名义进行推理）；
825工藤新一水族馆事件 前后篇 （小兰回忆与新一约会）；
836绯色的真相（柯南与父亲优作在自己家里联手揭穿了波本的真面目和赤井秀一假死的真相）；本回答被提问者采纳