法律分析：由于房地产开发企业开发周期长、销售房屋频繁,每次转让房屋均进行土地增值税纳税申报不具有可操作性,所以,财政部制定的《土地增值税暂行条例实施细则》第十六条开创了预征-清算制度,即"纳税人在项目全部竣工前转让房地产取得的收入,由于涉及成本确定或其他原因,而无法据以计算土地增值税的,可以预征土地增值税,待项目全部竣工、办理结算后再进行清算,多退少补.".
由此可见,房地产开发企业土地增值税清算应该针对的是房地产开发项目.
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第二十八条 税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条 除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条 扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。