防治柑橘褐腐病在田间管理方面应及时清洁果园，脚腐病发生较多的果园，冬季采果后结合修剪，疏除荫蔽枝条，清除地面枯枝落叶，集中烧毁，随后地面喷布杀菌剂，以减少病源，并保持园内排水良好。丰产果园及时撑果，把下垂近地面的果实在发病前用竹竿或木棒支撑起1米以上高，避免土壤中的病菌经雨水溅到枝叶和果实上。撑起的果实不可重叠成堆，应疏散通风。药剂防治应在发病前或高温、闷热暴雨前进行。一般每年9月应预先喷布杀菌剂，药剂有70%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、77%氢氧化铜（可杀得2000型）600～1000倍液、77%氢氧化铜（丰护安）可湿性粉剂600～1000倍液。