小李12月份应纳个人所得税额是3640元，当月工资+奖金实际到手39860元。计算过程如下：
第一步，确定应纳税所得额。如果是2018年12月份发放的年终奖是39000元，由于发放年终奖当月工资是4500元，与起征点5000元有500元的差距，所以确定应纳税所得额时，应该扣除500元，即应纳税所得额为39000-500=38500元。
第二步，确定适用税率。38500÷12=3208.33，在3000-12000元之间，对应的税率是10%，速算扣除数是210（见下表）
第三步，计算应纳税额。38500×10%-210=3640元
第四步，计算到手的工资额。39000+4500-3640=39860元
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