他的教育模式新颖，不拘一格，认为教育是国家兴旺之根本，是国家富强之根基。教育思想灵活，兼容并包，不因学术争议而排斥，广泛吸收各家所长。“教育者，养成人格之事业也。”他主张教育应注重学生，反对呆板僵化。他还提倡美育、健康教育、人格教育等新的教育观念。 蔡元培为人宽厚、恻隐为怀，对中国社会及陋俗有透彻观察;两度游学欧洲、亲炙文艺复兴后的科学精神及法国大革命后的思潮。他提倡民权与女权，倡导自由思想，致力革除“读书为官”的旧俗，开科学研究风气，重视公民道德教育及附带的世界观、人生观、美学教育。
梁漱溟曾说，蔡元培从思想学术上为国人开导出一股新潮流，冲破了旧有习俗，推动了大局政治，这是十分正确的。正是因为蔡先生的兼容并包、思想自由，使得新文化有了立脚之地，使得北大成为新文化运动的堡垒，科学民主的思想得以传播。因此从这个意义上讲，蔡元培不仅是现代北大的缔造者，也是中国现代大学理念和精神的缔造者。
蔡元培作为近代中国文化界的卓越先驱者，其著名的文化思想和学术观点，曾对中国的历史进程发生过重要的影响。蔡元培任北京大学校长时提出的“兼容并包”的学术思想，不仅成为他主持北大教育工作的重要指导思想，同时也是他所坚持的办学原则。此思想提出后，一批具有新文化、新思想的代表人物进入北大，北大因此而成为中国思想活跃、学术兴盛的最高学府。因此，“兼容并包”思想在接纳新文化、反对封建文化方面起到了积极作用。 蔡元培先生在教育和美学方面的贡献有目共睹，但在民族学方面的贡献却鲜为人知。蔡元培在自写年谱中称，自己的梦想之一就是写一本《比较民族学》，“以研究民族学终老”。
蔡元培赴京殿试时，在有关西藏的策论题中，他详述西藏“地域广袤，山川道里”。
1901年蔡元培在《学堂教科论》中说：”以前的历史只记帝王之事，不记民生风俗，以致于一群强弱盛衰之数，终不可稽。“
1908年至1911年在德国莱比锡大学学习哲学、文学、文明史和民族学。
1924年8月出席国际民族学会第21次大会。1924年11月至1926年2月在德国汉堡大学专修民族学。
1926年至1934年蔡元培先后发表了《说民族学》、《民族学与社会学》、《民族学上之进化观》等文章。
1927年中央研究院成立之时，蔡元培希望成立一个民族学研究所，但因人力物力有限，这个希望未能实现。
1928年社会科学研究所成立，蔡元培在研究所中增设民族学组，亲任组长兼研究员。在民族学组里开展了下列研究。 广西凌云瑶族调查研究 台湾高山族调查研究 松花江下游赫哲族调查研究 世界各民族结绳记事及原始文字的研究 外国民族民称的汉译 西南少数民族研究资料的收集 “教育独立”作为一种思潮，萌发于“五四”之前，发展兴盛于20世纪20年代。由于军阀混战，经济凋敝，北洋政府又不重视教育，国家预算中教育经费比例极低，如1920年前后国家预算中教育经费仅占1.2%左右。仅此有限的预算内经费还常被侵占挪用，也不能如数到位，导致教育经费奇绌，教育事业陷于难以为继的程度。
蔡元培一贯视教育为救国的基本途径，推崇思想、学术自由，加之身为北京大学校长，对政府官僚掣肘、摧残教育有深切的感受，因此是教育独立的积极倡导和支持者，并从理论上加以引导。1922年3月，他在《新教育》上发表了《教育独立议》一文，阐明教育独立的基本观点和方法，成为教育独立思潮中的重要篇章。
他认为政党与教育的对立表现为：
①教育要平衡发展人的个性和群性，政党则不然，它要造成一种特殊的群性，为本党服务，抹杀受教育者的个性。
②教育是求远效的，着眼于未来，其效果不可能在短期内表现出来，所以讲“百年树人”。而政党是求近功的，往往只考虑眼前的利益。
③在政党政治背景下，政权在各党派之间更迭，由政党掌管教育，必然会影响教育方针政策的稳定，影响教育的成效。所以他认为教育要超脱各派政党之外。
为实现教育的真正独立，蔡元培设计了教育经费独立、教育行政独立、教育独立于宗教的具体措施，其中关于教育行政独立的方案是：分全国为若干个大学区，每区设立大学一所，区内的高等专门教育，中、小学教育，社会教育，文化学术事宜均由该大学校组织办理。大学的事务，由大学教授组成的教育委员会主持，校长由教育委员会选举产生。各大学区大学的校长组成高等教育会议，处理各大学区间的事务。教育部只负责处理经高等教育会议议决而与中央政府发生关系的事务，及教育统计报告等，不干涉各大学区事务，教育总长必经高等教育会议认可。这一设想成为南京国民政府初期实施“大学区制”的框架基础。 蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地。”在担任北京大学校长后。他更是反复申述这一思想。1917年1月9日，他在就任校长的演说中，明确的向学生说明：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也”。
他还提出，大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。他要求大学教员不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣；大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下自动的研究学问。为了使大学能承担起教学，科研双重任务，他极力主张“凡大学必有各种科学的研究所”。他在《论大学应设各科研究所之理由》的文章，详列了三点理由：
一是“大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习。”
二是设立研究所，为大学毕业生深造创造条件。
三是使大学高年级学生得以在导师指导下，有从事科学研究的机会。 蔡元培是第一位提出“军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育皆近日之教育所不可偏废”的教育思想家，主张五育并举，这是蔡元培教育思想的一个显著特点。
提出背景
辛亥革命胜利不久，南京临时政府刚刚成立时提出来的。要使资产阶级对封建教育的改革能够深入、健康地开展，迫切需要在统一的教育思想指导下，尽快地确定一个反映资产阶级要求的教育宗旨，来规定资产阶级对于人才培养的目标和要求，只是在这样的形势下，1912年2月间蔡元培发表了著名的教育论文《对于新教育之意见》比较系统地提出了五育并举的思想。
军国民教育
（一）从国外环境看来，中国处于“邻强交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。”
（二）就国内情况而言，要打破军人成为“全国中特别之阶级”的局面，就“非行举国皆兵之制，否则无以平均其势力”。
实利主义教育
实利主义教育被蔡元培认为是富国的手段，他认为世界的竞争不仅仅是在武力，尤其是在财力。因此加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家 富强才能够在世界竞争中生存下来。
公民道德教育
他把西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念，分别比做中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”。他主张广泛吸收国外文化，同时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以“我”食而化之，而毋为彼此所同化”，他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其“我”而同化于外人”。
世界观的教育
世界观教育是建立在把世界划分为现象世界和实体世界这个唯心主义世界观的基础下，要求人们遵循思想自由，言论自由的原则，不要被束缚于某一学说的思想，在当时具有打破几千年思想专制统治的解放作用。
美育教育
美育教育是进行世界观教育最重要的途径，使人们从现象世界通向实体世界所必经的桥梁。美育教育的重要性源于其特点，人从现象世界通向实体世界存在的障碍不外两种意识，一是人我之差别、二是幸福之营求。
