1、范围不同
首先要看“人”的范围，即纳税人身份及采用的计税方法。增值税纳税人按经营规模及会计核算是否健全划分为一般纳税人和小规模纳税人。一般纳税人发生应税行为，通常适用一般计税方法，特定情形下，也可采用简易计税方法，但不得抵扣进项税额。增值税抵扣仅适用于一般纳税人采用一般计税方法的情形。
其次要看“票”的范围，即必须取得合法有效的增值税抵扣凭证。目前允许抵扣的增值税扣税凭证，主要包括增值税专用发票、税控机动车销售统一发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票、完税凭证、出口货物转内销证明、收费公路通行费发票等。
2、时点不同
增值税抵扣时点在购入环节，其影响因素主要有两个：
一是取得增值税扣税凭证的时点。进项税额的抵扣时点首先取决于扣税凭证的取得，如未按规定取得扣税凭证，即便交易已经发生，也无法抵扣进项税额。
二是认证（勾选确认）时点。增值税一般纳税人取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书等扣税凭证，需在规定期限内办理认证或申请稽核比对，在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。自2017年7月1日起，认证期限由180日延长至360日。
消费税扣除时点一般发生在已税消费品生产领用环节。以外购、委托加工收回的已税消费品为原料连续生产应税消费品，可按当期生产领用数量计算准予扣除外购、委托加工收回应纳消费税已纳的消费税款。
3、方法不同
增值税实行凭票抵扣制度，一般按照增值税扣税凭证上注明的增值税额作为进项抵扣金额。如从销售方取得的增值税专用发票，以专用发票上注明的增值税额作为抵扣金额；从海关取得的海关进口增值税专用缴款书，以缴款书上注明的增值税额作为抵扣金额；
接受境外单位或个人提供的应税服务，按规定应当扣缴增值税的，以从税务机关或代理人取得的解缴税款的税收缴款凭证上注明的增值税额为抵扣金额。
参考资料来源：百度百科-消费税
参考资料来源：百度百科-增值税
消费税是价内税，已纳消费税的抵扣，有两种情况：
一是外购已税消费品连续生产应税消费品的情况，
二是委托加工消费税应税产品收回后连续生产应税消费品的情况。
所以，消费税抵扣范围是很有限的。
增值税是价外税。增值税是对销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人就其实现的增值额征收的一个税种。
增值税抵扣:应交的税费=销项税-进项税。
凭证条件
税法规定的扣税凭证有:增值税专用发票，海关完税凭证，免税农产品的收购发票或销售发票，货物运输业统一发票(或者部分实施"营改增"地区的运输业增值税发票)。另外，根据财税[2012]15号通知，自2011年12月1日起，增值税纳税人购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费(以下称二项费用)可在增值税应纳税额中全额抵减。因此，取得购入增值税税控系统增值税专用发票以及税控软件维护费的地税发票也可以抵扣。本回答被网友采纳
增值税抵减是国家针对企业购买防伪税控专用设备以及支出的技术服务费，制定的一个专门的政策，这两种费用支出可以从应缴纳的增值税税款中直接扣除。增值税抵减，适用于所有纳税人，不分小规模纳税人和一般纳税人。
增值税一般纳税人实行购进扣税法，即应纳税额等于销项税额减去进项税额，进项税额抵扣要有凭证，既是增值税专用发票、海关缴款书按17%的税率抵扣，农产品销售（收购）发票按13%抵扣，运输发票按7%抵扣！