概念区别
●科技型中小企业
是指依托一定数量的科技人员从事科学技术研究开发活动，取得自主知识产权并将其转化为高新技术产品或服务，从而实现可持续发展的中小企业。
●高新技术企业
是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的居民企业。
评价区别
●科技型中小企业
评价指标中实际包含：科研人员（20分）、研发投入（50分）、科技成果（30分）三大类，满分100分。企业按照评价指标开展综合评价所得的分值不低于60分，且科技人员指标得分不可为0分。
●高新技术企业
对企业的自主创新能力有实际的评价指标。包含知识产权（30分）、科技成果（30分）、研发管理（20分）、企业成长性（20分），满分100分。当中，企业创新能力评价应达到相应要求（分值70分以上）为满足认定要求。
申请优势区别
（一）科技型中小企业
1、“两会”政府工作报告，把研发费用加计扣除由制造业享受100%加大到科技型企业研发费用加计扣除由75%提高到100%。
2、认定为科技型中小企业是申报科技贷的前提条件。
（二）高新技术企业
1、认定为高企之后可以减免所得税由25%减按15%征收。
2、各地政府对申报的高新技术企业给予一定的资金奖励等，西海岸新区对新引进或首次通过认定的高新技术企业，给予最高20万元奖励。
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