哈哈，这个问题有意思了。《火影忍者》中为何大蛇丸入侵木叶村的时候非要干掉三代火影？个人认为最根本的原因在于创造机会让合伙人团藏上位，这样大蛇丸才能够得到足够多的资源进行研究实现自己永生的愿望，下面具体说明一下。
剧情中团藏和大蛇丸因为共同利益诉求早就勾结在一起，而猿飞日斩就是阻拦二人实现最终计划的拦路虎，自然要想办法把三代火影清除掉。火影中的大蛇丸是一个为了实现自己目标而不择手段的人，例如为了寻找实现永生的方法大蛇丸一直和团藏合作利用木有村民进行实验。二人为了实现自己各自的目标早就勾结在一起：一方面团藏由于权力欲望比较重，一直希望寻找到一种那个快速增强实力并且能够让自己保持身体机能的技术，这样一旦团藏成为火影能够把持木叶的时间就非常可观了，团藏完全有机会把木叶打造成自己认为合理的模样。而大蛇丸则是利用团藏控制的根组织为自己的研究提供资源支持，一旦团藏能够成功上位，大蛇丸就可以利用团藏掌控木叶村的机会最大幅度地得到研究方面的支持。
但是奈何三代火影在火影的管理体系里边权威性还是比较高的，团藏基本上在剧情中没有多少话语权。即使三代选择下一代火影的继承人也会选择自己派系的候选人（例如波风水门），这样一来对于团藏和大蛇丸的打击是比较大的，团藏随着年龄增长成为火影继承人的可能性越来越低，毕竟对于普通忍者来说随着能力增长战斗力会一直滑坡。而大蛇丸如果没有了大量的资源支持研究速度可能会极度缓慢，早餐的结果就是大蛇丸有困难在完全研究出勇士的方法之前就已经死亡了。因此干掉三代火影以后团藏就有可能因为这种情况提前上位，而且大蛇丸也能够继续享受在资源方面的扶持。只要三代火影还活着，大蛇丸和团藏的计划基本上就不可能完成，因此才会拉上砂忍村进一步的削弱猿飞日斩在木叶村的势力。
团藏和大蛇丸为了各自的利益造句进行合作，而猿飞日斩是实现二人目标最大的障碍，滋润是需要尽快把三代火影给消灭掉。
火影中想要实现永生是非常困难的，即使是后面掌握了不尸转生的大蛇丸，也做不到完全的不吃不喝。而且实验用到的各种材料对于大蛇丸来说是一笔不笑的投入，而大蛇丸又不出任务也不出售技术，想要把研究做下去就必须得到足够的物质支持。这也导致了大蛇丸叛逃木叶村以后建立了音忍村，大蛇丸培植自己势力的目的还是为了搜集各种资源用于研究。但是实际上音忍村的综合实力以及能够掌控的资源对于大蛇丸来说还是太少，俗话说得好大树底下好乘凉，木叶村的底蕴，收集的各种忍术秘籍。以及掌握的庞大资源对于大蛇丸来说都具备强大的诱惑力，如果能够让支持自己的团藏有机会成为火影。后面大蛇丸就能够在研究资源方面的获得渠道上得到极大的提升，同时大蛇丸还有自己的势力音忍村，即使团藏后面突然反水，大蛇丸也可以全身而退。
大蛇丸想要干掉三代火影的目的之一就是为了能够有机会得到大量的资源扶持，实际上即使是建立了音忍村 ，在资源搜集的幅度和底蕴方面还是比不过大型的忍者村。因此大蛇丸还是想要和木叶村能够绑在一起以便自己的利益最大化。
大蛇丸的三观和三代火影不合，道不同不相为谋。三代火影死后木叶村的领导机构为了利益关系同样有可能和大蛇丸合作。
火影中最根本的矛盾就是个体利益和集体利益之间的冲突，没有完全的正义和邪恶。在剧情中即使是木叶村也因为生存和发展诉求干过一些在并不是十分光明的事情。二三代火影的管理模式和为人处世的原则相对来说比较温和，而大蛇丸和则是为了实现自己的利益不择手段，实际上二代火影在研究禁术的时候肯定也做过人体实验，但是也没有人责怪过二代火影，而大蛇丸相同的选择结果不被三代火影接受，双方的思维模式不兼容，必然会有争执产生。即使到了鸣人成为火影的阶段，为了共同的利益诉求也依旧选择和大蛇丸合作，什么为三代火影报仇之类的举动从来没有出现过。所一大蛇丸干掉三代火影的原因也就很明显了，主观意识层面是为了让自己的研究有可能被木叶村接受人双方有互惠互利的可能性。
最后总结一下，个人认为大蛇丸必须干掉三代火影的原因在于能够让自己的利益得到最大化，一旦团藏成为火影，大蛇丸就有可能利用木叶村庞大的资源优势加速自己的研究进展，最后是写自己永生的愿望，分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。