签订屈辱条约，赔偿巨额白银，日本对中国进行全面渗透和控制
《辛丑条约》的签订，标志着中国半殖民地地位的最终形成，乃至于认为它标志着中国已完全沦为半殖民地半封建社会。
《辛丑条约》的签订使中国彻底沦为半殖民地半封建社会，清政府彻底成为“洋人的朝廷”、“洋人的走狗”，彻底成为帝国主义在华势力的代表人和统治工具，民族危机进一步加深了。
《辛丑条约》确定的巨额赔款，是列强对中国空前的大规模勒索，清政府不堪负担，只得允许各地增加各种税捐，把赔款负担转嫁到全国人民头上，并指定各省分摊赔款数目，最多的江苏、四川、广东分别摊赔250万、220万、200万两，最困难的贵州也摊到20万两，总计各省每年共摊赔1880万两。
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《辛丑条约》也有小部分积极影响
《辛丑条约》签订后，清政府除被迫进一步敞开国门外，还对来华旅游的外国人加以刻意保护，民国也延续了这一点，由此，中国年均接待的入境旅游者快速增长。这一现象是殖民意志的体现，但对催生中国近代旅游业，带动来华贸易与投资活动，加速“西学东渐”的进程以及推动国际汉学的发展等等，也都起到了积极作用。
此外，作为《辛丑条约》履行过程中发生的“美国退还庚款”及办学事件，尽管作为屈辱的庚子赔款的衍生物、而在传统上被视为美国对华“文化侵略”的手段，但其对中美两国的科学技术和文化交流、中国近代文教事业和科学技术事业的发展乃至青年留学去向产生的影响，也得到了学界的关注。