拼音优点：简单。在
义务教育和现代传媒的影响下，很多人都掌握了普通话的
汉语拼音。对应的26个字母，看着键盘就能打字。
拼音缺点：重码。常用汉字3500多，GB汉字6000多，超
字符集汉字近10万，而拼音的音节码只有400多个。不完全统计，yi这个读音下有370多个汉字，Ji这个读音下有300多个汉字。
五笔优点：重码低。在GB6000多字中，五笔的重码有200多组。而日常应用中几乎很难感觉到五笔的重码，可以盲打。
五笔缺点：学习难度。其实相比郑码、希码、
仓颉、二笔等输入法，五笔的字根规范性不高，相比拼音的26个印在键盘上可见的字母，五笔的字根有200多个，有一定的逻辑性，但还是需要一两天的学习才能上手。而大多数人就因为个这，产生了畏难情绪。
以上是常见的优缺点。说说不常见的：
拼音的缺点除了重码外，还有击键，一篇文章下来，平均每字的击键（码长）是很高的，通常在3-5左右，而五笔打一篇文章，每字的码长通常在2-3左右。长时间的录入，拼音是很累手指的。
拼音的优点在于所想即所得，思考映射音类到转换成击键，比五笔要快那么一点点。当然五笔用户在熟悉之后，条件反射到一定程度，这点差异基本上可以抹去。
五笔的缺点也有，相比郑码仓颉二笔等形码或音形码，其字根逻辑性不强，这也增加了前期的学习难度。当然其好处是让经常使用的字根放在比较灵活的中指食指下，提高了击键速度。
就发展前景来说，两者都没什么前景可言了。键盘录入从90年代的万码奔腾到现在的一家独大，开发拼音争的无非就是用户基数而已。五笔在拼音之外还有那么一点点知名度，但单单靠输入法盈利的时代早已过去。