紫阳县国家税务局机构设置包括多个部门，以确保高效运作和税收管理。以下是主要部门的职责分工：
1. 内设机构
办公室: 制定年度工作计划，负责文电、机要、会务、档案等管理工作，以及税收宣传、新闻发布、政务公开和网站运行维护。还负责税收科研、学术交流和处理人大代表建议、政协委员提案。
政策法规科: 负责综合性税收政策的实施和合法性审核，处理行政复议、赔偿案件，以及税收执法质量检查。
收入核算科: 编制税收计划，监控税款缴退库，分析税收收入并进行会计核算和统计工作。
纳税服务科: 组织协调纳税服务工作，保障纳税人权益，处理投诉和调解税收争议。
征收管理科: 实施综合性税收征管，负责税务登记、纳税申报和发票管理等。
人事教育科: 负责人事管理、税务文化建设、培训和廉政建设工作。
监察室: 监督检查纪律和廉政建设，处理违法违纪案件。
办税服务厅: 为纳税人提供税务登记、申报、发票管理等服务。
税源管理科: 管理税源，负责税收分析、调查和日常检查。
机关党委办公室: 负责机关党群工作和党员发展。
此外，直属机构稽查局负责税务稽查工作，包括查处、审理和执行税收违法案件，以及与公安、检察、审判机关的协调工作。县局设4个税务分局，专门负责各辖区的税源管理工作。
事业单位信息中心: 负责税收信息化建设，技术支持和信息系统运行维护。