（1）农家生态旅游有利于乡村自然生态环境的改善。通过农家生态旅游活动的开展，当地社区和当地居民获得经济上的收益，掌握了“扩大再生产”的资金和经验，从而使整个农家生态旅游取得环境营造，获得经费的支持。而农家经营者在规划人员和政府管理人员的帮助下，不断学习知识、积累经验，认识到良好的自然环境才是吸引城镇居民的关键，无形中提高了生态意识；而在生态意识的长期作用下，农家经营者也将由单纯追求经济利益渐渐转变为热爱自然、保护生态。
（2）乡村传统文化在旅游发展中得以挖掘和保护。由于生产率较低和市场销路不畅等问题，农村很多手工产品被工业产品取代，很多传统的生活方式也渐渐丧失。农家生态旅游的发展，能使这些濒危的文化生态得以保存和延续，被淘汰的民族手工艺得到复苏，传统农作方式以展示的方式部分保留，消失多年的传统节庆活动重新红火展开。
（3）不当的农家生态旅游开发会污染乡村自然环境。乡村社区一般较少具有完善的排水系统和污水处理系统，大量旅游人口涌入农村，生活污水得不到充分净化，就会对水渠、河道产生污染，进而污染农田土壤、农作物；农家生态旅游交通沿线，在黄金周、周末等高峰期，大量运载游客的汽车会造成空气质量超标，而很多旅游公路两侧对绿化树种的选择也欠考虑，分布在沿线两侧的农田所受污染更为严重；大量旅游者产生了大量代谢终产物，乡村地域是否具备对这些代谢终产物的分解和吸纳能力也需要认真研究；部分旅游者不负责任的旅游行为，会使大量不可降解物质进入乡村地域。
（4）农家生态旅游开发、发展中的不当理念冲击乡村人文环境。在农家生态旅游的开发中，如果缺乏科学的规划，往往会出现急功近利的盲目发展。不符合地方特色的人工景观，盲目追求城镇化和奢华气派，造成与自然景观不协调，破坏整体形象；功利性的旅游文化发展观，也容易造成对地方文化的扭曲，为了迎合旅游者的猎奇心理，造成伪民俗化；而旅游利益分布不公，也是乡村新的不稳定因素。同时，在农家开展生态旅游的过程中，外来主流文化会对本土文化形成冲击，造成本土文化的瓦解；大量农家参与到旅游服务业中，会改变乡村朴实、纯洁的伦理观和道德观。这些都是农家生态旅游中必须慎防的不利影响。